集團籤合同分公司付款是可以的，前提是分公司有營業執照有一定的財產支配權。如果分公司有獨立的營業執照，簽訂的合同在分公司的經營範圍之內，分公司也可以開發票，但是合同也要以分公司名義簽訂。只要到當地稅務機關進行納稅登記，並在所在地納稅。
法律依據：《最高人民法院關於適用中華人民共和國民事訴訟法若干問題的意見》 第四十條
民事訴訟法第四十九條規定的其他組織是指合法成立、有一定的組織機構和財產，但又不具備法人資格的組織，包括：（1）依法登記領取營業執照的私營獨資企業、合夥組織；（2）依法登記領取營業執照的合夥型聯營企業；（3）依法登記領取我國營業執照的中外合作經營企業、外資企業；（4）經民政部門核准登記領取社會團體登記證的社會團體；（5）法人依法設立並領取營業執照的分支機構；（6）中國人民銀行、各專業銀行設在各地的分支機構；（7）中國人民保險公司設在各地的分支機構；（8）經核准登記領取營業執照的鄉鎮、街道、村辦企業；（9）符合本條規定條件的其他組織。
