1.賬面庫存與實物庫存不符時，首先進行庫存商品盤點.如果賬面庫存大於實際庫存，說明有商品銷售不記賬，將賬面庫存金額大於實物庫存的差額計算補交增值稅;如果賬面庫存小於實際庫存，說明有購進貨物不記賬，應將貨物退還給銷貨方。
2.賬面庫存與實物庫存相符時，根據《財政部國家稅務總局關於增值稅若干問題的通知》(財稅〔2005〕165號)第六條規定，一般納稅人登出時，其存貨不作為進項稅額轉出處理，其留抵稅額也不予退稅。
法律依據
《個人獨資企業法》
第三十二條
個人獨資企業清算結束後，投資人或者人民法院指定的清算人應當編制清算報告，並於十五日內到登記機關辦理登出登記。
