股東資格是投資人取得和行使股東權利、承擔股東義務的基礎。有關股東資格確認糾紛是公司法訴訟中最為常見的一種訴訟。不僅表現在單一的股東資格認定糾紛案件中，而且在審理股權轉讓糾紛、股東權益訴訟糾紛、出資不足股東向債權人承擔民事責任糾紛等型別的民商事案件中,股東資格的認定都是要首當其衝解決的問題。
一、股東登記和出資證明書、股票在股東資格認定中的意義
公司章程、股東名冊和工商登記中對公司股東的登記在認定股東資格時具有特殊的意義。公司章程在某種程度上是公司的小憲章，公司的主要事項均記載於章程中，包括股東的姓名(名稱)、權利義務和出資等。對內約束公司和股東，對外具有公示作用。公司設立登記或轉讓出資時，應當辦理章程的核準、備案和變更登記手續。公司章程一方面表明了出資者向公司出資，欲為公司股東的意思表示;另一方面也起到一定的對外公示作用。故公司章程上載明的股東內容是確定股東權利義務的主要根據，具有對抗股東之間其他約定的效力;在對外效力上也是相對人據以判斷公司股東的依據。公司置備的股東名冊具有權利推定力，是認定股東資格的證據。因此，一般情況下股東名冊上載明的股東即應推定為公司的股東，除非有充足證據證明載明的內容錯誤。
公司工商註冊登記的功能主要是政府對進入市場交易的市場主體資格進行審查，以減小市場交易整體風險，其內容因其公示性而對相對人具有確定的效力。由於公司工商註冊登記是公司成立的法定程式，雖然公司成立登記本質上屬於證權性登記，不具有創設股東資格的效力，但從某一方面看客觀上又產生了設權性的效果。即具有對善意第三人宣示股東資格的功能。
二、瑕疵出資股東資格的認定
瑕疵出資是指出資者沒有嚴格按照章程規定的數額、時間等出資，不包括根本未出資。關於瑕疵出資者是否享有股東資格問題，實踐中爭論較大。有觀點認為，因我國採用資本實繳制，原則上只有資本全部到位後，登記機關才予辦理公司成立登記，故瑕疵出資者未按照公司章程全部履行出資義務，公司不會設立成功，瑕疵出資者也不能取得股東資格。
但現實中很多公司註冊資金未全部到位亦獲得了公司登記。且司法實踐也承認註冊資金達到最低註冊資本金公司的法人地位。即雖然公司的註冊資金並未全部到位，但如果達到了一定數額，法律上是承認其法人資格的。故在法人成立情況下，對瑕疵出資者的股東資格應當予以認可，否則將會出現公司股東缺位。但因其出資並未全部到位，股東權是有瑕疵的。其股東權利只能在出資範圍內行使，未出資部分不得行使。對於瑕疵出資者未嚴格履行出資義務的行為，根據公司法的規定由其承擔相應的民事責任和行政責任。如果瑕疵出資者事後補足了出資，也只能在補足出資後行使該部分出資的股東權利。如果因投資者的瑕疵出資導致公司設立失敗或者因公司註冊資金低於法定最低註冊資本金數額而導致公司成立無效的，因公司不存在，投資者亦不享有股東資格。
瑕疵股東權是否可以轉讓主要存在三種不同觀點：
一是不可以轉讓;
二是僅可以轉讓已出資部分，未出資部分不得轉讓;
三是可以轉讓，但必須以轉讓款項先行補足不足出資;轉讓股份款項不足以補足出資，轉讓人又不能繼續補足的，公司或者其他股東可主張撤銷股份轉讓合同。如未主張撤銷的，可保留向轉讓人追索不足出資的權利。
三、名實不符股東資格的認定
名實不符股東主要包括隱名股東和冒名股東。隱名股東是指雖然實際出資認購公司股份，但在公司章程、股東名冊和工商登記中卻記載為他人的投資者。隱名股東主要為規避法律型。我國公司法和其他相關法規對公司投資領域、投資主體、投資比例等方面做了一定限制，如國家機關不得開辦公司，外方投資不得低於一定比例，有限責任公司股東人數不得低於2人，超過50人等。有些投資者為了規避這些限制，採取隱名股東的方式進行投資。也有少數隱名股東為非規避法律型，主要是出於不願公開自身經濟狀況原因而採取的隱名投資方式。隱名股東和顯名股東與公司之間的關係，實質上是公司股東的認定問題。
法律沒有必要為了所謂的保護無過錯隱名股東民事權利，而區別情況認定隱名股東的股東身份。對於本應由隱名股東享有的股東權利由顯名股東享有，或者本應由隱名股東承擔的責任由顯名股東承擔，因作出隱名投資系隱名股東和顯名股東雙方的真實意思表示，因此產生的後果雙方應當有所預見，按照顯名情況認定公司股東權利義務的承受者，對雙方應當說是公平的。隱名股東和顯名股東之間的法律關係屬於個人法調整範疇，應當依據當事人雙方的真實意思表示認定二者之間的法律關係，如債權債務關係、贈與關係，或者行紀、信託關係等。如果雙方在出資時約定明確，只要其約定不違反法律強制性規定，則按照雙方的約定確定二者的權利義務關係;沒有約定的，視舉證情況確定雙方的權利義務。舉證不能的，承擔舉證不能的民事責任。隱名股東如因舉證不能權利得不到有效保護是其自己意志選擇的結果，符合私法法律精神。
綜上所述，，能體現股東資格的證據材料包括但不限於出資證明書、股票、工商登記資料、公司章程、股東名冊、股東協議，這些材料對股東的規定有時並不一致，法官必須選擇合適的標準來確定股東資格。
