1、股權轉讓價格真實性難以核實。主要包含主觀與客觀兩方 面的因素。一方面因為股權轉讓的價格直接關係到股權轉讓人的切實利益，股權轉讓人主觀上存在著隱瞞股權轉讓價格的動機；另一方面由於受讓方在股權轉讓過程中處於相對弱勢，再加上交易中轉讓價格與股權轉讓成本的稅收徵管脫節，如非特殊情況，很難從股權受讓方獲得股權轉讓價格的真實資訊。
2、對股權轉讓價格明顯偏低的情況缺乏有效的核定徵收手段。雖然《徵管法》原則性地明確了對於計稅價格明顯偏低的情況可以核定計稅價格，但在實際操作時，對於股權轉讓價格明顯偏低的， 稅務機關仍缺乏有效的核定徵收手段。納稅人維權意識的增強，稅務機關面臨的行政複議、行政訴訟壓力更令稅務機關核定徵收的工作舉步維艱。通過何種方式確定徵納雙方均能接受的合理的股權轉讓價格，是稅務機關對股權轉讓進行核定徵收時必須面對的問題。
3、對股權轉讓缺乏動態監控。由於對股權轉讓的徵管措施尚不完善，對股權轉讓的交易過程及交易結果均缺乏有效監控。在股權轉讓發生後，除非納稅人主動進行稅務登記變更，否則稅務機關不能及時獲取到股權轉讓的動態資訊，最終導致了稅款的流失。
4、稅務機關難以組織有效的事前監控，管理具有滯後性。對於股權轉讓，由於其本身固有的偶發性，稅務機關難以組織有效的事前監控，管理很被動。稅務機關往往在股權轉讓雙方已經完成股權轉讓後，才能從工商管理部門的定期資料交換、稅務登記變更等環節獲得相關的交易資訊，稅收徵管行為明顯滯後。而如果股權轉讓並未按照國家的有關規定進行工商、稅務登記的變更，稅務機關更是無法獲得相關的資訊。
綜上所訴，股權轉讓稅收徵管存在的問題非常明顯，我們作為市場的一份子，當然是希望希望監管者要麼不關，要麼就規定明確。模模糊糊，漏洞百出的法律規定才是最害怕的，對此，告誡我們，在進行股權交易時，我們應當及時地諮詢國家或者地方相關的法律法規，提前規避法律風險，預防訴訟成本。
