確定股權代持協議法律效力可以從雙方協商、以及是否違法上認定，股權代持協議只要不違反法律的強制性規定，都是有效的。根有限責任公司的實際出資人與名義出資人訂立合同，約定由實際出資人出資並享有投資權益，以名義出資人為名義股東，實際出資人與名義股東對該合同效力發生爭議的，如無規定的情形，人民法院應當認定該合同有效。實際出資人與名義股東因投資權益的歸屬發生爭議，實際出資人以其實際履行了出資義務為由向名義股東主張權利的，人民法院應予支援。名義股東以公司股東名冊記載、公司登記機關登記為由否認實際出資人權利的，人民法院不予支援。實際出資人未經公司其他股東半數以上同意，請求公司變更股東、簽發出資證明書、記載於股東名冊、記載於公司章程並辦理公司登記機關登記的，人民法院不予支援。
二、股權代持的風險
1、關於股權比例的約定。公司的股權在未來存在多種變化的可能性，比如：代持股權的比例並非一成不變，公司未來的增資擴股將導致股權比例的稀釋，則實際出資人的利益將很難得到保障。
2、實際出資人難以確立股東身份的風險。雖然司法解釋肯定了股權代持協議的效力，但是投資權益並不等同於股東權益，投資權益只能向名義股東(代持人)主張，而不能直接向公司主張，存在一定的侷限性。根據公司法解釋，必須經過公司半數以上股東同意，實際出資人方可向法院請求公司變更股東、簽發出資證明書、記載於股東名冊、記載於公司章程並辦理公司登記機關登記。
3、名義股東侵害實際出資人利益的風險。在一般的股權代持關係中，實際出資人在幕後，名義股東則在臺前代為行使股東權利，面對各種誘惑，很可能出現名義股東侵害實際出資人利益的情形。比如：名義股東不向實際投資人轉交資產收益，濫用股東權利(重大決策事項未經協商)，擅自處置股權(轉讓、質押)等等。
4、名義股東的風險。比如：當實際投資人未履行出資義務時，若債權人追索，則名義股東需要在承諾的出資範圍內承擔補繳出資的義務，而不能以其不是實際投資人為由拒絕承擔責任。
5、未來股權轉讓的稅務風險。當然，如果實際出資人和名義股東各司其職良好合作，以上風險也許都能避免。但是代持協議還有一個繞不開的問題——即未來股權轉讓的稅務風險。
股權代持的情況是比較常見的，相關事項的認定上，一方面是需要基於實際的股權代持事項來進行認定，另一方面也是需要根據雙方協商達成的意見來進行處理，如果存在矛盾和糾紛的，可以起訴到法院來進行判決處理。
