股權代持協議有法律效力，只要不違反法律的強制性規定。
股權代持協議的主要目的是通過該協議實現隱名股東的投資目的。法律或行政法規可能禁止或限制隱名股東實施投資行為或投資於特定行業。如果隱名股東屬於被禁止或限制實施投資行為的人，或者其擬投資的企業所在的行業屬於法律或行政法規禁止或限制投資的特定行業，則股權代持協議可能被認定為具有非法目的。此時，儘管股權代持協議本身並不為法律或行政法規所禁止，但卻可能因為其目的的非法性而被認定為屬於“以合法形式掩蓋非法目的”的行為，從而被認定為無效法律行為。股權代持協議是具有法律效力的，但是也會有一些風險。有限責任公司的實際出資人與名義出資人訂立合同，約定由實際出資人出資並享有投資權益，以名義出資人為名義股東。
《公司法解釋（三）》第二十四條中規定，實際出資人和名義股東之間的代持股協議是有效的合同，出於保護實際投資人的投資權益，投資權益屬於實際出資人，不屬於名義股東。但值得注意的是，解釋中也規定了名義股東是公司的合法股東，實際出資人想成為公司真正的股東，必須履行相關的股權轉讓手續，即需要過半數其他股東的同意。
