1、含義不同。
3%為小規模納稅人增值稅稅率；17%為一般納稅人增值稅稅率。
2、享受的稅收的政策不一樣。
小規模納稅人不能抵扣進項稅，只有一般納稅人才能抵扣進項稅額。
一般納稅人抵扣進項稅的條件：
（1）必須取得增值稅專用發票才能抵扣進項稅。
（2）取得小規模納稅人在國稅代開的增值稅專用發票，可以按3%抵扣進項稅。
3、發票性質不同
3%的稅率在增值稅普通發票使用較多的；17%稅率常見於增值稅專用發票。稅法規定必須取得增值稅專用發票才能抵扣進項稅，進項增值稅發票經過認證可以抵扣稅金，普通發票不能抵稅。
《中華人民共和國增值稅暫行條例》第二條
《中華人民共和國增值稅暫行條例》第十二條
