暴力危及飛行安全罪的認定
1、罪與非罪的界限
司法實踐中，在認定某種行為是否構成暴力危及飛行安全罪時，主要是把握該行為是否具有相當嚴重的社會危害性，是否具有本罪的構成要件，是否危害或足以危害飛行安全。如果行為人對正在飛行中的航空器上的人員使用的不是暴力行為而是脅迫或其他行為;或者行為人不是對航空器上的人員使用暴力，而是對航空器以外的人員或航空器本身施用暴力或強力;或者行為人乃是對正在飛行中的航空器上的人員使用暴力，而是對停機待用的航空器上的人員使用暴力;或者行為人是對正在飛行中的航空幫上的人員使用暴力，但不足以危及飛行安全的，則均不構成本罪為了制止飛行中的航空器上正在進行的不法侵害行為如劫持航空器的犯罪行為等，行使正當防衛權利的，即使是對不法侵害行為人使用暴力，且有可能危及飛行安全的，也不構成本罪。因為且當防衛行為不僅不具有社會危害性，而且是對社會有益的行為。
本罪與破壞交通工具罪的界限
本罪和破壞交通工具罪都是故意犯罪，並且都有可能危及飛行安全，但區別是明顯的：(1)犯罪物件不同。本罪的犯罪對多為航空器上的人員，包括機組人員、乘客和其他任何人員;交通工具罪的犯罪物件為交通工具本身，如破壞航空器的發動機等。(2)犯罪客觀方面不同。本罪是對正在飛行中的航空器上的人員使用暴力;破壞交通工具罪在時間上為正在使用中的航空器，包括航空器停機待用的，且手段也不限於暴力。
2、本罪與劫持航空器罪的界限
暴力危及飛行安全罪和劫持航空器罪侵犯的都是航空器的飛行安全，且一般都是在飛行中的航空器內實施的。兩者的主要區別是：
(1)主觀方面不同。劫持航空器罪的犯罪行為人對航空幫上的人員使用暴力，其目的在於劫持航空器;本罪的犯罪行為人對正在飛行中的航空器上的人員使用暴力，只有危及民用航空器飛行安全的故意，而無劫持航空器的故意和目的。
(2)客觀方面表現不同。暴力危及飛行安全罪的犯罪行為人是對正在飛行中的航空器上的人員使用暴力，其犯罪行為只能發生在正在飛行中的航空器內，犯罪物件是航空器上的人員，犯罪手段僅限於暴力;而劫持航空器罪的犯罪行為人是對正在使用中或正在飛行中的航空器本身和機上人員使用暴力、脅迫或其他方法，其包括正在使用中如停機待用的航空器，犯罪物件包括對航空器本身和機上人員，犯罪手段也不限於暴力。
(3)構成犯罪的要求不同。暴力危及飛行安全罪的犯罪行為人對正在飛行中的航空器上的人員使用暴力，必須危及飛行安全;劫持航空器罪的犯罪行為人只要實施了劫持行為即構成犯罪。當然，如果行為人出於劫持航空器的目的，對正在飛行中的航空器上的人員如駕駛員使用暴力，危及飛行安全的，則是一行為同時觸犯兩個罪名，屬於想象競合犯，即對正在飛行中的航空器上的人員使用暴力的行為，既觸犯了暴力危及飛行安全罪的罪名，又觸犯了劫持航空器罪的罪名，屬於想象競合犯，應從一重罪即劫持航空器罪論處。
3、本罪與重大飛行事故罪的界限
重大飛行事故罪是指航空人員違反規章制度，致使發生重大飛行事故，造成嚴重後果的行為。兩者的區別是：
(1)犯罪主體不同。暴力危及飛行安全罪的犯罪主體是一般主體，任何處於正在飛行中的航空器上的人員包括機組人員和乘客都可成為該罪的犯罪主體;重大飛行事故罪的犯罪主體是特殊主體，即只能是航空人員包括從事航空活動的空勤人員和地面人員。
(2)主觀方面不同。暴力危及飛行安全罪只能由故意構成;重大飛行事故罪行為人在主觀上只能是過失。
(3)客觀方面不同。暴力危及飛行安全罪表現為行為人對正在飛行中的航空器上的人員使用暴力，危及飛行安全的行為;重大飛行事故罪則表現為航空人員違反規章制度，因而發生重大飛行事故造成嚴重後果的行為。
(4)對嚴重後果的要求不同。構成重大飛行事故罪必須造成嚴重後果。暴力危及飛行安全罪並不以發生嚴重後果為構成要件。
