單位不可以扣除女員工懷孕期間請假工資，但是由於職員在懷孕期間請假時，並沒有給單位創造勞動價值，故此孕期工資是按照正常工資的一定比例來支付的，所以對於懷孕的女職員來說，並不能看到工資少了就認為被單位扣除了工資。
1、懷孕期間請假單位不得扣除工資，但是員工在懷孕期間未為單位提供勞動，員工請假是按照正常員工請假，單位是不需要為員工支付請假期間的工資的。但是單位不得以此扣除員工以往工資。
2、員工懷孕期間一直請假工資的計算方式是有相關的生產工資計算的，因為在這種狀況之下，依然是需要工資的具體的發放，通常情況下應當履行相關的請假的手續，如果說工齡不滿兩年的話，是按照本人工資60%的比例來進行一個請假工資發放。
員工懷孕期間一直請假工資的計算方式是有相關的生產工資計算的，因為在這種狀況之下，依然是需要工資的具體的發放，通常情況下應當履行相關的請假的手續，如果說工齡不滿兩年的話，是按照本人工資60%的比例來進行一個請假工資發放。現有的勞動法律法規都嚴格地規定了女職工享有生育產假的權利。除此之外，在上海，對女職工孕期的休假還有更為詳細、具體的規定。主要包括：
(1)產前檢查：女職工妊娠期間在醫療保健機構約定的勞動時間內進行產前檢查(包括妊娠十二週內的初查)應算作勞動時間。
(2)產前假：妊娠七個月以上，應給予每天工間休息一小時。如工作許可，經本人申請，單位批准，可請產前假兩個半月。
在實踐中，大多數企業都遵守並認同女職工的產假、產前檢查假、產前假的相關規定。有部分企業還通過企業規章制度的形式提高了相關待遇。而目前關於孕婦的產前利益保障，有許多企業和員工遇到了一個難題：女職工在懷孕期間，長期休病假，怎麼處理?
女職工在懷孕期間休長病假，是有著現實的社會原因的。職工的生育年齡普遍較大，生育風險大;城市的交通在上下班期間是十分擁擠的，人身安全風險時時刻刻存在著;孕期從事的本職工作可能存在不利於胎兒健康發育成長的因素，如計算機輻射等，若從事部分體力勞動也存在風險。
女性職員在懷孕期間請假是合法的，單位不得以沒有在工作崗位就職為由就扣除工資，甚至是直接的辭退孕期職員。若是遇到此種現象時，權益受到侵害的主體，都是可以要求單位支付賠償金的，若是不賠償就可以書寫訴狀起訴單位了。
