加班工資肯定是要計算在工資總額裡的，工資本身就包括正常情況下的工資，加班工資，用人單位發的獎金津貼，和在其他特殊情況下付的工資，所以，加班工資要計算在工資總額中繳納個人所得稅。
加班工資算在工資總額裡。根據《關於工資總額組成的規定》的規定，工資總額由下列六個部分組成：計時工資、計件工資、獎金、津貼和補貼、加班加點工資、特殊情況下支付的工資。
有下列情形之一的，用人單位應當按照下列標準支付高於勞動者正常工作時間工資的工資報酬：
(一)安排勞動者延長工作時間的，支付不低於工資的百分之一百五十的工資報酬;
(二)休息日安排勞動者工作又不能安排補休的，支付不低於工資的百分之二百的工資報酬;
(三)法定休假日安排勞動者工作的，支付不低於工資的百分之三百的工資報酬。
國家實行勞動者每日工作時間不超過八小時、平均每週工作時間不超過四十四小時的工時制度。對實行計件工作的勞動者，用人單位應當根據規定的工時制度合理確定其勞動定額和計件報酬標準。用人單位應當保證勞動者每週至少休息一日。企業因生產特點不能實行規定的，經勞動行政部門批准，可以實行其他工作和休息辦法。用人單位由於生產經營需要，經與工會和勞動者協商後可以延長工作時間，一般每日不得超過一小時;因特殊原因需要延長工作時間的，在保障勞動者身體健康的條件下延長工作時間每日不得超過三小時，但是每月不得超過三十六小時。
有下列情形之一的，延長工作時間不受本法第四十一條規定的限制：
(一)發生自然災害、事故或者因其他原因，威脅勞動者生命健康和財產安全，需要緊急處理的;
(二)生產裝置、交通運輸線路、公共設施發生故障，影響生產和公眾利益，必須及時搶修的;
(三)法律、行政法規規定的其他情形。用人單位不得違反規定延長勞動者的工作時間。
加班費也屬於扣稅的範圍。
根據《勞動法》第四十四條的規定，有下列情況之一的，用人單位應當按照下列標準支付高於勞動者正常工作時間所得工資的工資報酬：
第一，安排勞動者延長工作時間的，支付不低於工資的150%的工資報酬;
第二，休息日安排勞動者工作又不能補休的，支付不低於工資的200%的工資報酬;
第三，法定休假日安排勞動者工作的，支付不低於工資的300%的工資報酬。
對於加班職工來講，用人單位通常也不是單獨的發加班費的，會在月初發上個月工資的時候把加班費計算進去。可是除了法定節假日，平時的工作日和休息日如果有安排加班，在已經調休了的情況下是沒有加班費的。
