1、本罪與妨害傳染病防治罪
兩者存在諸多相同之處，如都妨害了社會管理秩序，都以違反有關行政法規的規定為前提，都有引起傳染病傳播或有傳播嚴重危險的後果，犯罪主體均為一般主體，主觀方面皆出自過失，等等。兩罪的主要區別在於：
(1)犯罪的直接客體不同。前者侵犯的主要是國境衛生檢疫的管理制度;而後者侵犯的是國家關於傳染病防治的管理制度。
(2)違反的行政法規不同。前者違反的是國境衛生檢疫法的有關規定;後者違反的是傳染病防治法的有關規定。
(3)危害結果不同。前者引起了鼠疫、霍亂、黃熱病、艾滋病等檢疫傳染病傳播或者有傳播嚴重危險;後者則是引起了鼠疫、霍亂等甲類傳染病的傳播或者有傳播嚴重危險。
2、本罪與傳染病防治失職罪
二者存在某些相似之處，比如，二者都違反了國境衛生檢疫法的有關規定;都可能造成了檢疫傳染病的傳播;都危害了公共安全;都是出自過失。兩者的主要區別在於：
(1)犯罪的主要客體不同。前者侵犯的主要客體是國境衛生檢疫管理制度，後者侵害的主要客體是國家對傳染病防治工作進行監管的正常活動。
(2)行為的非法性不同。前者的非法性在於行為人違反了應當接受國境衛生檢疫的義務;後者的非法性則在於行為人違背了對傳染病防治進行監督管理的職責，既可能是國境衛生檢疫職責，也可能是其他傳染病防治監管職責。
(3)犯罪的危害結果不同。就危害結果的形態而言，前者既包括實害結果(引起檢疫傳染病傳播)，也包括危險結果(引起檢疫傳染病傳播的嚴重危險);而後者只包括實害結果一種，即必須發生導致傳染病傳播或者流行且情節嚴重的事實情況。就造成傳播的傳染病的種類而言，前者只包括鼠疫、霍亂、艾滋病等檢疫傳染病，範圍較窄;後者則包括所有法定管理的3類35種傳染病，種類繁多。
(4)犯罪主體不同。前者是一般主體，自然人和單位均可成其主體;後者是特殊主體，僅限於從事傳染病防治的政府衛生行政部門工作人員，其他自然人或者單位不能成為該罪主體。
