區分罪與非罪的界限，要注意兩點：一是要看行為入主觀上有無故意阻撓軍人執行職務的目的。如果屬於對軍人發牢騷、講怪話、態度生硬，或者僅有一般嘲諷、辱罵，甚至輕微的頂撞行為，行為人並不希望對方停止、變更、放棄執行職務結果發生的，不應以犯罪論處;二是看客觀上行為人是否實施了暴力、威脅手段，是否因此發生了軍人停止、放棄、變更執行職務或無法執行職務的後果。如果行為人雖然實施了某種阻撓行為，但只是軍人正常執行職務，或者對方雖然出現了停止、放棄、變更執行職務或者無法執行職務的結果，但與行為人的行為並無必然的因果關係，也不應以犯罪論處。
一、因使用暴力方法犯本罪，致使軍人重傷、死亡的，或者犯本罪時搶奪、搶劫軍人槍支及其他武器裝備的，應當按想象競合犯處罰原則處理，即對行為人從一重罪處斷。走私人員以暴力、威脅方法阻礙邊防軍人依法緝私的，應對行為人按走私罪與阻礙軍人執行職務罪數罪處罰。
二、本罪與妨害公務罪的界限。兩罪在主觀心理狀態方面是相同的，都是基於故意;在客觀方面都是以暴力和威脅方法為犯罪手段，實施了阻礙執行職務的行為。二者主體相同，都是一般主體，即可以是任何達到法定刑事責任年齡、具有刑事責任能力的人。其區別主要在於侵害的客體不同。阻礙軍人執行職務罪侵害的客體是軍職任務的正常執行活動，侵害的物件是軍人;妨害公務罪侵害的客體是社會管翌竺聖侵害的物件是國家工作人員。
三、本罪與擾亂社會秩序罪的界限。阻礙軍人執行職務罪與擾亂社會秩序罪的行為人在主體、主觀心態、客觀表現方式方面有相似之外，但也有明顯的區別：
(1)侵害的客體不同。前者侵害的客體是軍人的正常執行職務活動，是國防利益;後者則是社會秩序。
(2)侵害的物件不同。前者侵害的物件，必須是軍人;後者則是針對特定的機關、單位等。
(3)犯罪手段不盡相同。前者是使用暴力、威脅方法;後者的犯罪手段則是多種多樣的，如暴力襲擊、強行侵佔衝擊、鬨鬧等。
(4)犯罪結果不同。前者不一定造成具體的危害結果;而後者必須是情節嚴重，使國家、軍隊、社會遭受嚴重損失的，才構成犯罪。
四、本罪與阻礙執行軍事職務罪的界限。阻礙執行軍事職務罪，是指以暴力、威脅方法阻礙指揮人員或者值班、值勤人員執行職務的行為。兩罪侵犯的直接客體相近，為國防利益、軍事利益，犯罪行為、主觀方面相同，其主要區別是犯罪物件不同。前者的犯罪物件是所有依法執行職務的軍人，而後者的犯罪物件僅指依法執行職務中的指揮人員和值班、值勤人員。
