(一)劫持航空器罪的既遂與未遂
區分本罪的既遂與未遂，關鍵的是合理確定區分標準。關於這個問題，刑法學界存在著以下不同意見：
1.著手說。認為劫持航空器的犯罪屬於行為犯，只要行為人一開始著手實施劫持行為，無論該行為持續時間長短，無論把航空器劫持到哪裡，均構成劫持航空器罪的既遂。只有在特殊情況下，如罪犯已將犯罪工具帶入航空器內，在準備開始著手實施劫持行為就被抓獲，因而未能實施劫持行為的，才構成該罪的未遂。
2.目的說。認為犯罪人劫持航空器的目的一般是要外逃，因此，行為人在著手實施劫持行為後，把航空器劫持到了他指定的地點，劫機外逃取得了成功，才算該罪的既遂;如果未能使航空器劫持到預定的降落地，就是該罪的未遂。
3.離境說。認為行為人著手實施劫持行為後，被劫持的航空器飛出了本國的領域以外，即飛出了國境線的，構成該罪的犯罪既遂;否則就是未遂。
4.控制說。認為行為人著手實施劫持行為後，已經實際控制了該航空器的，為該罪的既遂，未能控制該航空器的，為未遂。
我們認為控制說較為合理：首先，控制說的主張符合國際和國內立法的精神。《海牙公約》第1條明確規定：在飛行中的航空器內的任何人，如果用暴力或用暴力威脅，或採用任何其他恐嚇方式，非法劫持或控制該航空器，或企圖採取任何這種行為，或是犯有或企圖犯有任何這種行為的人的從犯，都是犯了作為公約的物件的犯罪。依據公約規定，國際法是將劫持航空器的犯罪劃分為罪犯和嫌疑犯兩種的。而嫌疑犯是一種犯罪性質不確定的人犯，其中包括劫持航空器的預備犯和未遂犯，也包含在航空器內構成其他犯罪的罪犯，且不論是罪犯或嫌疑犯都存在著共同犯罪形式。顯然，國際公約是以犯罪分子是否劫持或控制該航空器作為既遂與未遂標準的，而不是以犯罪分子的犯罪目的是否達到或被劫持的航空器是否飛出國境線作為標準的。本條也明確規定：以暴力、脅迫或其他方法劫持航空器的構成劫持航空器罪。因此，犯罪分子在著手實施劫持行為，並已達到非法劫持或控制該航空器的程度，就具備了犯罪構成的全部要件，應是劫持航空器罪的犯罪既遂;如果犯罪分子在著手實施劫持行為後，因其意志以外的原因未能達到非法劫持或控制該航空器的程度，就應認定為未完成犯罪而構成本罪的未遂。其次，採用控制說為劃分既遂與未遂的標準，更能反映劫持航空器罪的本質特徵。國際公約中規定的危害民用航空安全的犯罪，不僅包括非法劫持航空器的犯罪，而且包括其他危害民用航空安全的犯罪。其他危害民用航空器安全的犯罪，雖然也危及了飛行的安全，但卻不完全有其非法劫持的性質。而犯罪分子一旦實施了劫持行為，並實際控制了被劫持的航空器，就對該航空器以及旅客生命、財產安全以及公共安全造成了實際的威脅或破壞，這也正是劫持航空器罪的本質特徵所在。因此，將犯罪人實際控制該航空器作為犯罪既遂的標準挺合適的。至於著手說、目的說或離境說，作為劃分本罪既遂與未遂的標準，不符合法律的規定和本罪的本質特徵，因此是不可取的。
(二)本罪與其他危害民用航空安全犯罪的界限
根據有關國際公約的規定，危害民用航空安全或秩序的犯罪包括三類：
一類是空中劫持罪，又稱非法劫持航空器罪、劫機罪，與我國的劫持航空器罪相同。該罪是在1963年的《東京公約》規定的犯罪。
二是危害國際民用航空安全罪。就一般意義而言，劫持本身也是一種危害民用航空安全的犯罪，但是鑑於空中劫持的嚴重性，1970年的《海牙公約》已將其規定為一種獨立的國際犯罪。所以，危害民用航空安全罪，實際上是除劫持航空器以外的其他危害國際民用航空安全的行為。
根據《蒙特利爾公約》及其議定書的規定，危害國際民用航空安全罪在客觀上包括下列犯罪行為：
對飛行中的航空器內的人實施可能危及航空器安全的暴力行為;
破壞或損壞使用中的航空器而使其不能飛行或危及其飛行安全的行為;
在使用中的航空器內放置具有破壞或損壞該航空器而使其無法飛行或危及飛行安全的行為;
破壞或損壞航行裝置或妨礙其操作以至危及飛行中的航空器安全的行為;
在國際機場上實施足以危害民用航空安全的暴力行為;
傳送明知虛假的、可能危及飛行中的航空器安全的情報的行為;
上述行為的未遂行為;
教唆、共謀或幫助上述犯罪的行為。
三是妨害國際航空罪，即指除前兩類罪以外的其他破壞國際航空秩序的犯罪行為，諸如在飛行中的航空器內實施還尚不至危及到該航空器安全的暴力(謀殺、傷害、綁架、劫持人質)的行為，嚴重妨害機組人員正常活動的行為等。這類犯罪，雖然不直接危及到航空器的安全，但是也直接破壞了國際民用航空的正常秩序，因而也是一種破壞國際民用航空秩序的犯罪。
我國的劫持航空器罪與上述第一種犯罪相同，而不包括後兩類犯罪。那麼出現了後兩類犯罪行為後如何處理?我們認為，對於不是出於劫持的目的，故意或過失損壞使用中的航空器或航行裝置，以致航空器不能飛行或可能危及飛行安全的，應分別適用刑法第116條、117條的破壞交通工具罪和破壞交通設施罪，而不宜認定為劫持航空器罪。對於以非法佔有為目的，在航空器內以暴力或以暴力相威脅手段搶劫財物的，不論是否致人重傷、死亡，因航空交通的特殊情形，都可能危及飛行安全，因此，應認定為搶劫罪，並適用刑法第263條第1款第2項之規定從重處罰。
(三)本罪的管轄權問題
1987年6月23日全國人大常委會通過《關於對中華人民共和國締結或者參加的國際條約所規定的罪行行使刑事管轄權的決定》規定：對於中華人民共和國締結或者參加的國際條約所規定的罪行，中華人民共和國在所承擔條約義務的範圍內，行使刑事管轄權。我國刑法第9條規定：對於中華人民共和國締結或者參加的國際條約所規定的罪行，中華人民共和國在所承擔條約義務的範圍內行使刑事管轄權的，適用本法。
我國先後加入了《東京公約》、《海牙公約》和《蒙特利爾公約》。《東京公約》的規定主要是以所謂旗幟法為依據的，也就是說，管轄權由航空器登記國行使。但《海牙公約》、《蒙特利爾公約》均規定了普遍管轄原則，要求締約國對公約規定的罪犯或起訴或引渡。
普遍管轄原則，亦稱世界主義原則，是指對於某些危及人類安全的國際犯罪，不論犯罪人國籍如何以及犯罪地何在，也不論侵犯了何國利益，世界各國均對其具有管轄權。對於劫持航空器罪，我國及其他各締約國均可以根據國際公約規定，不論犯罪行為或者犯罪結果發生在何地，也不論犯罪人國籍如何，只要犯罪人在本國境內，就可以對其行使刑事司法管轄權，並依照本國法律予以懲治。應當強調的是，根據三個國際公約規定的原則和基本精神及我國刑法規定，凡劫持我國航空器進入他國的，我國仍對犯罪分子具有刑事司法管轄權，有關國際或地區的司法當局應根據有關國際公約的引渡條款予以配合。
所以，對於本罪的罪犯，在下列情形下，我國有權行使管轄權：
(1)在我國登記的航空器內犯本罪;
(2)在裡面發生犯罪的航空器，在我國領土上降落而嫌疑犯還在該航空器內;
(3)在租來時不帶機組的航空器內犯有罪行而租機人在我國有主要營業地，或無主要營業地而有永久住所。
我國對罪犯實施管轄權，就應依照我國刑法的有關規定予以懲處，即根據本條規定定罪量刑。根據上述公約，即便不屬於前述的三種情形，如果犯本罪的嫌疑犯進入我國境內，我國不予引渡時，也應行使管轄權，依我國刑法的有關規定予以懲處。
