一、本罪與非罪的界限
認定本罪，一看行為人的行為是否違反規章制度。如果行為人的行為是照章行事的，不違反規章制度，即便發生重大事故，致人重傷、死亡或者使公私財產遭受重大損失，也不構成犯罪。二看是否造成了嚴重後果。行為人雖然違反了規章制度，但未造成嚴重後果的，不構成犯罪。三看違章行為與嚴重後果之間是否有因果關係。即使在行為人的違章行為之後，發生了重大事故，但不是行為人的違章行為引起的，二者之間沒有因果關係，不構成犯罪。四看行為人主觀上有無過失。如果行為人主觀上既無故意，又無過失，嚴重後果是由於不能預見或者不可抗拒的原因引起的，屬於意外事件，不構成犯罪。
二、本罪與交通肇事罪的界限
兩罪都是過失犯罪，行為人都實施了違反規章制度的行為，都造成了重大事故，並且都是屬於交通方面的重大事故。但是，兩者有著明顯區別：
(1)犯罪主體不同。鐵路運營安全事故罪的犯罪主體是特殊主體，僅限於鐵路職工;交通肇事罪的犯罪主體是一般主體，包括交通運輸人員和非交通運輸人員。
(2)違反的規章制度不同。鐵路運營安全事故罪違反的是鐵路等部門制定的有關運輸管理、維修管理、操作規程、安全管理等方面的規章制度;交通肇事罪違反的是同保證交通運輸安全有直接關係的各種法律、法規與制度，其範圍較廣。
(3)犯罪客體稍有不同。鐵路運營安全事故罪侵犯的客體是鐵路運營的安全;交通肇事罪侵犯的客體主要是陸路和水路交通運輸的安全。
三、本罪與重大責任事故罪的界限
兩者都是過失犯罪，行為人都有違反規章制度的行為，並且都發生了重大事故，造成了嚴重後果。兩者的區別主要有：
(1)犯罪主體不同。兩者都是特殊主體，但鐵路運營安全事故罪的犯罪主體只能是鐵路職工;重大責任事故罪的主體僅限於工廠、礦山、林場、建築企業或其他企業、事業單位的職工以及群眾合作經營組織或個體經營戶的從業人員。
(2)發生的場合不同。鐵路運營安全事故罪發生在列車運營過程中;重大責任事故罪則發生在生產、作業過程中。
