一、本罪與非罪的界限
1、首先應當嚴格劃清合法行為與違法行為的界限
實踐中經常發生一些消費者通過正常渠道反映生產、經營者的商品有假冒偽劣的情況;或者新聞媒體對一些商業信譽、商品聲譽差的生產、經營者予以公開披露、曝光的，對於這類正當批評，即使揭露的事實中有部分出入，但是，由於其基本事實的屬實，上述公開披露、曝光的行為應當屬於合法行為，應予以支援和保護。其次應當嚴格劃清違法與犯罪的界限，在審判實踐中，要以損害商業信譽和商品聲譽罪的構成要件為標準認定罪與非罪，對於那些確實具有損害商譽性質的行為，應當鑑別其危害程度，如果確係情節顯著輕微，損害後果不大的，可依照《刑法》（以下簡稱本法）第13條規定不認為是犯罪。
2、“重大損失”和“其他嚴重情節”的認定
“重大損失”和“其他嚴重情節”是損害本罪的“量”的規定，屬於該罪犯罪構成的重要組成部分，涉用至罪與非罪的界限問題。所謂“重大損失”，應當指侵害人實施的損害行為，造成他人商譽貶值，進而使他人蒙受重大經濟損失。在認定這一侵害結果時，首先要確認捏造並散佈虛偽事實之行為負刑事責任。其次，要準確地界定損失範圍，確定損失是否為重大。
所謂損失的範圍，可以考慮以下幾方面：
(1)客戶退貨損失;
(2)滯銷壓庫損失;
(3)為正名所進行宣傳耗費的損失；
(4)預期利益和停產期間的損失。
所謂“其他嚴重情節”，應當是指除上述給被害人造成重大損失以外的各種綜合性評判指標，一般要包括侵害人主觀方面惡性的深淺，行為次數的多少、行為方式惡劣與否、社會影響大小、有無同種劣跡等等，應當在實踐中加以摸索、待成熟後作比明確司法解釋為宜。
二、本罪與誹謗罪的界限
在認定損害商業信譽、商品聲譽罪時，應當劃清與誹膀罪的界限。本法第246條規定，誹謗罪是指捏造並散佈某種事實，損害他人人格，破壞他人名譽，情節嚴重的行為。該兩種罪在主觀方面、客觀方面、主體方面都有十分相似之處。
二者的區別最主要體現在侵犯的客體不同：前者是通過“誹謗”的方式侵犯競爭對方的商業信譽、商品聲譽，進而擾亂市場經濟秩序;後者則是通過誹謗侵害公民的人格。在現實生活中，如果侵害人的誹謗行為針對企業負責人或者經營者本人的，就應當具體分析行為的特徵和侵害人的主觀方面特徵，來確定罪名。侵害人如果以排擠競爭為目的，捏造並散佈虛偽的事實，但同時指向商業信用主體和其負責人個人的，應當認定為本罪。如果侵害人為發洩個人不滿，蓄意貶低企業負責人個人的，應當認定為誹謗罪。如果一行為既貶低企業又貶低個人的，應以想像競合原則處理。如果是數行為既觸犯誹謗罪又觸犯損害商業信譽、商品聲譽之數客體，則應數罪併罰。
