企業的商業祕密被侵害，有多種途徑進行解決，可以向不同的部門投訴:
1.可以根據雙方簽訂的合同申請仲裁。
一般企業商業祕密在進行商業活動的情況下才有可能被他人知曉，其侵權者涉及合作的另一方，產生爭議的雙方簽訂過相關的合同，雙方可以選擇仲裁解決。如果僅是簽訂了合同但沒有仲裁條款的約定，那麼就不能申請仲裁解決糾紛。仲裁機構就該爭議做出仲裁結果後，屬於一裁終局，不能就同一事實，同一請求再向法院起訴。
如果侵權方是屬於簽訂了勞動合同的員工，該員工在勞動關係存續期間，或者勞動者在與用人單位解除勞動合同並簽訂了商業保密協議的，勞動者擅自洩露企業商業祕密的行為，可以通過仲裁的途徑解決爭議。如果勞動者對仲裁結果表示不服的，可以在收到仲裁決定書15日內向人民法院提起訴訟。
2.工商行政部門對企業的不正當行為有監督管理的權利，受害企業發現其他企業有侵害自己商業祕密的行為，可以向工商部門投訴。
一般縣級以上等工商部門有調查和監督企業行為的權利，受害企業需要向該部門提供有利的證據證明侵權企業存在侵害自己商業祕密的事實，工商部門進行調查後，確認該企業存在不正當行為符合侵害商業祕密的事實，可以給予罰款和賠償損失的行政處罰。
3.直接向人民法院提起訴訟。
不論雙方是否簽訂合同，受害方可以根據侵權的事實，依據相關的法律法規直接向法院提起訴訟。企業向法院提交立案材料時，應當提交初步的證據證明侵權事實，並向被告住所地或者是合同約定等地址。
4.協商解決。
天下沒有難事，任何糾紛都可以進行協商和解。就產生侵害是事實和依據可以對內容、金額進行協商，其具體的金額主要經過雙方確認即可。
1)企業與職工簽訂過保密協議的，可以就保密協議約定等違約責任進行賠償。
企業與員工簽訂保密協議一般需要注意以下幾點條件:
(1)保密協議的內容不得違反相關法律法規對強制性規定;
(2)簽訂合同的雙方應當具有承擔相關責任的合法資格;
(3)合同或者協議中應當對約定等條款和內容進行明確說明;
(4)雙方是出於自願且平等的情況下進行簽訂的，沒有存在脅迫或者是威脅原告強制簽訂該協議書;
(5)就保密協議中約定等保密內容如果違約，應當承擔的責任進行約定。
2)一般勞動合同中對於保密協議的約定可以包含以下幾點內容:
職工在企業就職過程當中，不得將公司的商業機密透露給其他公司，或者公司某專案明確約定該專案嚴格保密的，不得將該機密透露給任何第三人;如果違約員工所應承擔的責任應當明確
職工與公司合同期滿後，如果員工與企業解除合同，則企業可要求員工不得進入同類型公司工作即競業協議，同時企業應當約定對員工給予經濟補償。
