《房屋徵收與補償條例》規定了對違法建築及超過批准期限的臨時建築，不予補償，這一規定遏制了違法建築的蔓延，減少了違建現象的存在;但具體實踐時，相關機關卻跳過無證房屋的調查、認定環節，直接將無證房屋界定為違法建築，在徵收時不予補償，侵害了公民的權益。
因此在具體徵收時，應該嚴格依照相關規定，先對無證房屋進行調查、認定。
(一)認定的依據
目前各級人民政府及相關機關認定違法建築的主要依據是《城鄉規劃法》和《土地管理法》，建築物是以土地為依託的，如果土地使用權不合法，其上面的建築也是不符合相關規定或缺乏相關手續及建房的依據，因此對於違法建築在調查是應該先通過《土地管理法》確定土地使用是否合法，若土地取得程式合格且有使用權證，則需要依據《城鄉規劃法》確定該建築的建造者在建房時或建成後取得了建設用地規劃許可證及建設工程規劃許可證，及是否依照該規劃許可證建房。
同時，出現在公路、鐵路、文物保護等附近建房時，還需要符合公路法、鐵路法、環境保護法等相關法律的規定，因此在認定違法建築時，應該充分考慮相關實體法的具體規定。
在確定違法建築的認定依據時，應該依據違法建築建造時的法律，而不能依照調查認定時的規定，因為相關機關不能要求公民在建造時就預見到政策的變更。
(二)認定的主體
被徵收的房屋是否屬於違法建築必須由法律授權的相關機關界定，因為這是與公民利益密切相關的，如果不對認定機關限制，就會出現隨意認定違法建築的亂象。
我國現行法律中對違法建築的認定主體有規定的主要有：《房屋徵收與補償條例》中規定由市、縣級人民政府組織有關部門對違法建築進行調查認定，《城鄉規劃法》中明確由縣級以上人民政府及其城鄉規劃主管部門對違反城鄉規劃法律法規的行為進行調查、監督檢查;《土地管理法》中規定由縣級以上人民政府土地行政主管部門對違反土地管理法律法規的行為進行監督檢查。
對於公路法、鐵路法、環境保護法中對違法建築有規定的則由其管理機關認定，這樣可以讓各機關在其管理範圍內認定違法建築，防止濫認定現象的發生，儘可能維護公民的合法權益。
對於違法建築的認定，相關機關應嚴格依照法律規定的認定程式，在法律授權的範圍內行使。
這樣既可以遏制違法建築的蔓延，也可以降低公民的損失，增加政府及相關機關的公信力。
