一、施工合同備案是什麼部門管?
1、施工合同備案由建設行政主管部門、或者其他有關部門備案管。
《建設工程質量管理條例》
第四十九條建設單位應當自建設工程竣工驗收合格之日起15日內，將建設工程竣工驗收報告和規劃、公安消防、環保等部門出具的認可文件或者准許使用文件報建設行政主管部門或者其他有關部門備案。
2、施工合同的補充協議還需要備案，施工合同要求備案是建設部做出的規定，補充協議作為合同的組成部分，也應按照建設部的要求到主管部門備案。由於建設部所做規定不屬於法律、行政法規，因此，施工合同未備案並不必然導致合同無效。
相關法律規定：《最高人民法院關於審理建設工程施工合同糾紛案件適用法律問題的解釋》
第二十一條規定：“當事人就同一建設工程另行訂立的建設工程施工合同與經過備案的中標合同實質性內容不一致的，應當以備案的中標合同作為結算工程價款的根據。”
當事人就同一建設工程另行訂立的建設工程施工合同與經過備案的中標合同實質性內容不一致的，應當以備案的中標合同作為結算工程價款的根據。
二、施工合同逾期不能備案嗎?
施工合同逾期不一定不能備案，具體是否可以備案需要結合現行法律的規定。
1、招標工程不管是否逾期都可以辦理備案手續
《房屋建築和市政基礎設施工程施工招標投標管理辦法》
第十一條 招標人自行辦理施工招標事宜的，應當在發佈招標公告或者發出投標邀請書的5日前，向工程所在地縣級以上地方人民政府建設行政主管部門備案，並報送下列材料：
(1)按照國家有關規定辦理審批手續的各項批准文件;
(2)本辦法第十一條所列條件的證明材料，包括專業技術人員的名單、職稱證書或者執業資格證書及其工作經歷的證明材料;
(3)法律、法規、規章規定的其他材料。
招標人不具備自行辦理施工招標事宜條件的，建設行政主管部門應當自收到備案材料之日起5日內責令招標人停止自行辦理施工招標事宜。
2、有些合同需要在驗收需要辦理備案手續，對於此類合同，若工程延期沒有但是合同無效，那麼在驗收成功之後，依舊可以辦理備案手續。
相關法律規定：
(1)《建築法》
第九條 建設單位應當自領取施工許可證之日起三個月內開工。因故不能按期開工的，應當向發證機關申請延期;延期以兩次為限，每次不超過三個月。既不開工又不申請延期或者超過延期時限的，施工許可證自行廢止。
第十條 在建的建築工程因故中止施工的，建設單位應當自中止施工之日起一個月內，向發證機關報告，並按照規定做好建築工程的維護管理工作。
建築工程恢復施工時，應當向發證機關報告;中止施工滿一年的工程恢復施工前，建設單位應當報發證機關核驗施工許可證。
第十一條 按照國務院有關規定批准開工報告的建築工程，因故不能按期開工或者中止施工的，應當及時向批准機關報告情況。因故不能按期開工超過六個月的，應當重新辦理開工報告的批准手續。
(2)《建設工程質量管理條例》
第十六條 建設單位收到建設工程竣工報告後，應當組織設計、施工、工程監理等有關單位進行竣工驗收。
第四十九條建設單位應當自建設工程竣工驗收合格之日起15日內，將建設工程竣工驗收報告和規劃、公安消防、環保等部門出具的認可文件或者准許使用文件報建設行政主管部門或者其他有關部門備案。
建設行政主管部門或者其他有關部門發現建設單位在竣工驗收過程中有違反國家有關建設工程質量管理規定行為的，責令停止使用，重新組織竣工驗收。
現行法直接規定了建設單位需要履行辦理施工合同備案手續的義務，具體在什麼時間點辦理備案手續、辦理此類手續需要什麼材料，以及向什麼部門提出備案請求，需要根據《建設工程質量管理條例》、並結合實際情況確定。
