刑罰配置的原則是指立法機關進行立法活動必須遵循的準則。它反映了立法者選擇刑罰種類和設定刑罰幅度的觀念和理性認識。從一般立法原則與刑法立法實際相結合的角度看，刑罰配置應當堅持體現犯罪危害程度的原則、等級設定合理的原則、體現刑事政策的原則。
一、醫療事故罪刑罰配置的要求
（一）遵循過失犯罪刑事責任的要求
醫療事故罪作為過失犯罪，在具體配置刑罰時要實現以下要求：
（1）過失犯罪刑事責任應當比故意犯罪輕。這在大陸法系國家已成通例。因為“與故意犯罪相比，過失犯罪行為的不法內容和責任內容較輕”。過失犯罪作為被追究刑事責任，是主觀主義時代的產物。在某些情況下，過失犯罪的社會危害性並不比故意犯罪小。但在主客觀相統一的中國刑法理論上，應當承認，過失犯罪的人身危險性比故意犯罪要小。醫療事故罪作為過失犯罪的一種，在刑罰的設定上，應該設定比故意犯罪（如故意傷害罪、故意殺人罪）的刑罰要輕。
（2）過失犯罪的刑事責任應當針對過失的形態有所區分。過失犯罪作為在犯罪歸責的層面上考慮，應當根據刑法責難的重點不同而有所區別。在一般過失犯罪的場合，刑法儘管也責難行為人的主觀，但重點在於責難其所造成的客觀後果。這也就是為什麼過失犯罪以結果定罪的原因。而在業務過失中，除了責難行為人的客觀外，重點在於責難其主觀的瀆職性。
（3）強化防範過失犯罪的特殊刑種。過失犯罪由於其在犯罪發生機制上是由規章的規定性被違背而被確定的，因此需要對防止繼續違章作出規定。這方面，資格刑的選擇是必需的。
（二）遵循業務過失犯罪的特點和規律
業務過失犯罪屬於廣義職務犯罪的一種，它具有以下特點：
（1）犯罪主體是從事業務活動的人，他們負有業務上要求的比普通人更高的特殊注意義務。當行為人沒有盡到應盡的注意和謹慎義務導致了危害結果發生時，其“對結果持不注意或不充分注意的心態”，就應當承擔與這種較高的注意義務相適應的較大的刑事責任；
（2）業務過失的行為人作為具有專業技能和特種技術的人，他們對危害結果的發生具有超過一般人的預見能力和避免能力，但由於行為人嚴重不負責任違反規章制度最終還是造成了危害結果的發生，其主觀的可責性顯然要比普通過失犯罪大；
（3）業務過失常常發生在生產、作業等過程中，通常意義上其實際的危害結果也較普通過失嚴重，往往包括人員的傷亡、財產的巨大損失和公共安全的嚴重破壞，且涉及面廣、影響惡劣；
（4）在現實生活中，業務過失犯罪的發案率也比普通過失犯罪要高。“各國的統計資料表明，普通過失在過失犯罪總數中的比重有逐漸縮小的趨勢。而業務過失則呈現出繼續增長，並在數量上超過普通過失的勢頭”。可見從遏制犯罪的角度，也應加強對業務過失犯罪的打擊力度，在法定最高刑的配置上至少不能低於普通過失犯罪。
（三）遵循法條競合的基本原則
法條競合是指“一個行為同時符合數個法條規定的犯罪構成，但從數個法條之間的邏輯關係看，只能適用其中一個法條，當然排除適用其他法條的情況”。這與大陸法系國家刑法理論的觀點是基本一致的。如日本學者認為，“有一個行為外觀上似乎符合數個構成要件，但實際上適用其中一個構成要件，排除其他構成要件的適用的情況。”所不同的是，在我國刑法中，法條競合沒有被作為一罪的型別，而在大陸法系刑法理論上被作為是一罪的型別，被歸入“本來的一罪”中。
醫療事故罪作為獨立於一般過失（致人死傷）的犯罪，其與過失致人重傷、過失致人死亡等犯罪存在著某種關聯。這種關聯性在日本刑法理論上分為特別關係、補充關係、吸收關係、擇一關係四種，在德國刑法中分為特別關係、補充關係、吸收關係三種。
法條競合是對特別關係的處置方式，就是對多個構成要件處於一般與特別的邏輯關係中，特別法視角中的構成要件被一般法視角中的構成要件包含了。在處罰適用上，採用“特別法優於一般法的原則”。這種特別關係存在於普通法律和特別法律之間，也存在於同一法律中的普通條文與特別條文之間。醫療事故罪當與一般的責任事故相競合，或者與過失致人重傷、過失致人死亡相競合時，就屬於這後一種情況。
二、醫療事故罪刑罰配置的缺陷
我國《刑法》第335條規定，“醫務人員由於嚴重不負責任，造成就診人死亡或者嚴重損害就診人身體健康的，處三年以下有期徒刑或者拘役”。解讀本條可知，醫療事故罪的主體是醫務人員，客觀上具有嚴重不負責任，並造成就診人死亡或者嚴重損害就診人身體健康的行為，主觀方面是過失，侵犯的是患者的人身權利。
這一規定具有兩個特點：
第一，它與概括性的事故犯罪不同。我國1979年和1997年刑法都規定了概括的重大責任事故罪。《刑法修正案（六）》將其分解為“生產、作業重大事故罪”和“強令違章冒險作業罪”。即“在生產、作業中違反有關安全管理的規定，因而發生重大傷亡事故或者造成其他嚴重後果的，處三年以下有期徒刑或者拘役；情節特別惡劣的，處三年以上七年以下有期徒刑。”“強令他人違章冒險作業，因而發生重大傷亡事故或者造成其他嚴重後果的，處五年以下有期徒刑或者拘役；情節特別惡劣的，處五年以上有期徒刑。”這裡將強令他人違章冒險的情形從一般責任事故中獨立出來，規定了最高為15年的法定刑。
第二，它與普通過失犯罪的過失致人重傷、過失致人死亡等罪不同。我國《刑法》第235條規定，“過失傷害他人致人重傷的，處三年以下有期徒刑或者拘役。本法另有規定的，依照規定。”第233條規定，“過失致人死亡的，處三年以上七年以下有期徒刑；情節較輕的，處三年以下有期徒刑。本法另有規定的，依照規定。”這裡的“另有規定”，就是包括“醫療事故罪”這樣的罪名。但比較而言，醫療事故的法定最高刑與一般過失致人重傷罪相同，比一般過失致人死亡罪輕，並沒有體現出它作為特別規定的要求。
從前述對醫療事故罪刑罰配置現狀的分析可看出，其存在如下缺陷：
1.刑罰設定單調，只安排了兩個刑種
刑種是指刑法所規定的適用於具體犯罪的刑罰種類。在我國現行刑罰體系中，主刑有五種，即有管制、拘役、有期徒刑、無期徒刑、死刑；附加刑有三種，即罰金、剝奪政治權利、沒收財產。而刑法規定可以適用於醫療事故罪的只有有期徒刑和拘役兩種。
而根據2002年9月1日起施行的國務院《醫療事故處理條例》將醫療事故界定為：醫療機構及其醫務人員在醫療活動中，違反醫療衛生管理法律、行政法規、部門規章和診療護理規範、常規，過失造成患者人身損害的事故。並把醫療事故劃分為四級十二等。根據通說，醫療事故罪中的“嚴重損害就診人身體健康”應理解為一級、二級、三級甲等醫療事故及導致3人以上人身傷害後果的情形。這說明醫療事故罪的危害程度是不同的，有必要針對不同後果設定不同刑罰種類。現行規定只設兩個刑種，遠不能適應醫療事故責任程度多樣性的需要，不利於處理紛繁複雜的醫療事故行為。“同時，對醫療事故犯罪僅僅配置自由刑種，可能並不是一種令人十分滿意的方案”。
2.刑罰相對較輕，破壞了刑法條文的內在和諧
第一，醫療事故罪與其他事故犯罪相比，責難因素增加了，量刑幅度反而小了。如重大飛行事故罪、鐵路運營安全事故罪、交通肇事罪、危險物品肇事罪、工程重大安全事故罪、教育設施重大安全事故罪、消防責任事故罪、重大環境汙染事故罪等。這些罪在客觀方面均表現為違反規章制度，與醫療事故罪並無二致。但在法定刑的配置上卻存在著很大的差別。醫療事故罪的法定最高刑為3年有期徒刑，而其他責任事任事故罪的法定刑最高為7年、10年、15年的有期徒刑。這使得醫療事故罪最嚴重的情形也只能在3年以下選擇刑期，可選的幅度太小。產生這一差異的原因據說在於立法者充分考慮了醫療行為的特殊性。這種特殊性包括有：醫療活動是由負有特定義務的從事特殊行業的醫務人員構成；醫療活動的診治物件為活的肌體、活的人；醫學事業的高科技含量與醫療活動的高風險性；醫學未被認知領域的寬度與深度。筆者認為，醫療事故罪是責任事故而不是技術事故，在犯罪構成的要素上已經排除了技術上探索和醫療風險的因素。刑法只懲罰沒有嚴格按醫療規章制度、診療護理操作規程行事，對自己的本職工作極不負責任造成嚴重後果的醫務人員。因此，對那些情節非常的惡劣或後果非常嚴重的案件，最高刑僅為3年有期徒刑，確實有失公平。
第二，不符合國際上所採用的業務過失犯罪從重處罰的原則。對業務過失犯罪，國外立法儘管在罪名獨立性的設定上有所不同，有的國家沒有將業務過失致傷的行為規定為獨立的犯罪，如德國、巴西；有的國家把業務過失獨立於一般過失，規定業務過失罪。但無論是獨立規定還是概括規定，都採用了較一般過失（或者基本罪）為重的刑罰。如巴西《刑法》第121條第3項規定的一般過失殺人罪，處1年至3年拘役，同條第4項規定過失殺人的情況下，如果是由於違反職業、手藝或工程的技術操作規程，刑罰加重三分之一。而日本《刑法》第211條規定，“懈怠業務上必要注意，因而致人死傷的，處五年以下懲役或者監禁或者50萬元以下罰金。”其立法理由“應當認為，刑法典關於業務上過失的規定，是鑑於業務者違反注意義務的程度，在違法性與責任兩方面，都比通常人違反注意義務的程度嚴重，而設立的加重處罰的型別”。[9] 在中國刑法立法將過失犯罪可分為普通過失犯罪和業務過失犯罪的規定後，醫療事故罪屬於業務過失犯罪當中一個獨立罪名，當屬無疑；然而其法定刑的設定卻與國際社會的經驗立法相背離。
第三，醫療事故罪作為特別法條規定的犯罪，其法定刑最高刑比一般過失犯罪輕，違背了法條競合的基本要求。刑法理論的一般原理告訴我們，當立法在基本犯罪的基礎上有特別規定的時候，特別法的規定往往是基本刑的規定不足以達到懲罰目的才作出的。因為，基本刑往往有最低的下線的，實際適用中足以滿足從寬處罰的要求，沒有必要設立特別的事故犯罪，之所以要設立特別的事故犯罪，就是為了提高法定刑。因此，當醫療事故罪從一般的事故犯罪和一般的過失犯罪中獨立出來後，沒有在法定性的設定上體現重處罰是不科學的。
