醫療保險糾紛能否提起行政訴訟，要依據具體的情況而定，如果認為在醫療保險報銷方面，社會保險經辦部門侵犯了自己合法權益的，可以提起行政訴訟。
《中華人民共和國社會保險法》第八十三條規定：用人單位或者個人認為社會保險費徵收機構的行為侵害自己合法權益的，可以依法申請行政複議或者提起行政訴訟。
用人單位或者個人對社會保險經辦機構不依法辦理社會保險登記、核定社會保險費、支付社會保險待遇、辦理社會保險轉移接續手續或者侵害其他社會保險權益的行為，可以依法申請行政複議或者提起行政訴訟。
個人與所在用人單位發生社會保險爭議的，可以依法申請調解、仲裁，提起訴訟。用人單位侵害個人社會保險權益的，個人也可以要求社會保險行政部門或者社會保險費徵收機構依法處理。
