藥店一般不可以用新農合醫保卡，但是各地各地有所不同，建議直接到當地農保辦公室諮詢。
新型農村合作醫療（新農合）是指由政府組織、引導、支援，農民自願參加，個人、集體和政府多方籌資，以大病統籌為主的農民醫療互助共濟制度。其採取個人繳費、集體扶持和政府資助的方式籌集資金。
《社會保險法》第七條
國務院社會保險行政部門負責全國的社會保險管理工作，國務院其他有關部門在各自的職責範圍內負責有關的社會保險工作。 縣級以上地方人民政府社會保險行政部門負責本行政區域的社會保險管理工作，縣級以上地方人民政府其他有關部門在各自的職責範圍內負責有關的社會保險工作。
