(一)案件來源不同。公訴案件是由國家公訴機關即人民檢察院提起的;而自訴案件是由被犯罪行為侵害的公民、個人或者他的法定代理人、監護人、近親屬直接向人民法院提起的。
(二)犯罪性質和危害程度不同。公訴案件中犯罪行為的性質一般來說比較嚴重，對社會的危害性也比較大，案件一經起訴人民法院必須依法進行審判，除公訴機關認為所指控的事實不清，證據不足，不能對被告人定罪和處以刑罰申請撤回起訴，人民法院准許撤回起訴外，人民法院必須依據審理中查明的事實和證據，依法作出有罪或無罪判決。而自訴案件犯罪行為的性質多數不甚嚴重，對社會的危害性也比較小，因而，自訴人在判決宣告前可以同被告人自行和解或撤回自訴，對告訴才處理和有證據證明的輕微刑事案件，可以進行調解。
(三)審查程式不同。與庭審方式改革相適應，現行《刑事訴訟法》弱化了公訴案件進行庭前審查的實體內容，基本上實行程式性審查，即審查只要符合“起訴書中有明確的指控犯罪事實並且附有證據目錄、證人名單和主要證據影印件或照片的”，人民法院就應當決定開庭審判，審查的主體是負責該案審理的審判組織成員;而自訴案件則應經二次審查，第一次是立案前的程式審查，審查是否符合立案標準，根據立、審分立的原則，審查的主體應是專門審查立案的人員。第二次審查是開庭前的實體審查，審查是否符合“犯罪事實清楚，有足夠證據”這一開庭審理的必備條件，符合開庭審理條件的應轉到開庭審理程式，不符合開庭審理條件的，應說服自訴人撤回自訴或裁定駁回起訴，審查的主體是負責該案審理的審判組織人員。
(四)當事人的訴訟權利不完全相同。
1、自訴案件的被告人及其法定代理人在訴訟過程中有權提起反訴;而公訴案件的被告人及其法定代理人雖然有權對司法人員侵犯其訴訟權利提出控告，但絕不能就案件事實本身對司法人員提出反訴;
2、自訴案件的被害人作為自訴人如果對地方各級人民法院第一審判決或裁決不服的，有權在法定上訴期內按照法定程式向上一級人民法院提出上訴，享有獨立的上訴權;而公訴案件的被害人沒有獨立的上訴權，無權對地方各級人民法院第一審判決或裁定提出上訴，只能自收到判決書五日以內，請求人民檢察院在法定期限內按照法定程式提起抗訴。
(五)當事人的訴訟地位不同。自訴案件中的被害人是自訴人，居原告地位，而公訴案件中公訴機關(人民檢察院)居原告地位，被害人則處於證人地位。
(六)當事人行使訴訟權利的時間不同。
1、公訴案件自案件移送審查起訴之日起，犯罪嫌疑人有權委託辯護人;而自訴案件的被告人隨時有權委託辯護人;
2、公訴案件的被害人及其法定代理人或者近親屬，附帶民事訴訟的當事人及其法定代理人，自案件移送審查起訴之日起，有權委託訴訟代理人;而自訴案件的自訴人及其法定代理人，附帶民事訴訟的當事人及其法定代理人，有權隨時委託訴訟代理人。
(七)舉證責任不同。自訴案件的舉證責任規定為完全由自訴人承擔，對於缺乏證據的自訴案件，人民法院有許可權期自訴人補充證據，如果自訴人提不出補充證據，人民法院又無法調取和收集到必要的證據，應說服自訴人撤回訴訟。
(八)刑罰處罰的輕重不同。自訴案件的刑罰處罰，一般都在三年以下有期徒刑、拘役或管制;而公訴案件的刑罰處罰可達十年以上有期徒刑、無期徒刑直至死刑。
(九)案件的可分性特點不同。自訴案件中的一個犯罪行為侵害了數個人的利益，受害人不只一人，而是數人，在這種情況下，其中任何一個受害人都有權單獨向人民法院提出控訴，沒有提起控訴的受害人，有權放棄訴訟。
(十)審理期限的要求不同。人民法院審理公訴案件應當在受理後一個月內宣判，至遲不得超過一個半月。重大的犯罪集團案件、流竄作案的重大複雜案件及交通十分不便的邊遠地區的重大複雜案件等，適用普通程式審理的被告人羈押的自訴案件的審理期限、延長審理期限的理由、批准或決定延長審理期限的機關及可延長的期限和公訴案件一致;但適用普通程式審理被告人未被羈押的自訴案件，應當在立案後六個月內宣判，有特殊情況需要延長審理期限的，由本院院長批准，可以延長三個月。
在司法實踐中，公訴案件和自訴案件都是屬於常見的訴訟案件型別，相關情況的處理都需要由司法機關根據涉案的情節來進行合法的判決處理的，如果對相關情況的認定不清楚的，可以聘請律師來對有關情況進行諮詢瞭解和辯護。
