二者是完全不同的概念。支付令是由法院開出的債權人請求債務人給付金錢、有價證券的法律文書，債務人收到支付令後應當及時給付。
起訴是指法院在雙方當事人和其他參與人的參加下，在審理和執行民事案件中所進行的各種訴訟活動以及由這些訴訟活動產生的各種民事法律關係的總和。支付令用於督促程式，起訴則發生在簡易程式、普通程式。
《民事訴訟法》
第一百五十七條
基層人民法院和它派出的法庭審理事實清楚、權利義務關係明確、爭議不大的簡單的民事案件，適用本章規定。 基層人民法院和它派出的法庭審理前款規定以外的民事案件，當事人雙方也可以約定適用簡易程式。第二百一十四條 債權人請求債務人給付金錢、有價證券，符合下列條件的，可以向有管轄權的基層人民法院申請支付令：（一）債權人與債務人沒有其他債務糾紛的；（二）支付令能夠送達債務人的。 申請書應當寫明請求給付金錢或者有價證券的數量和所根據的事實、證據。
