目前，我國的企業合併活動呈迅速發展之勢，在企業合併中進行稅收籌劃，實現企業整體利益的最大化，則是不容忽視的。在企業合併中，合併企業支付給被合併企業股東的價款有兩種方式：一種為股權支付，即以合併企業的股權換取被合併企業的股權(舊股換新股);另一種為非股權支付，即以合併企業股權以外的現金、有價證券及其他資產換取被合併企業的股權。
由於合併企業支付給被合併企業的價款方式不同，其轉讓所得、資產計價、虧損彌補等涉及所得稅的事項可選擇不同的稅務處理方法。這些不同的稅務處理方法對合並企業和被合併企業的所得稅產生不同的影響，也為企業合併的稅收籌劃提供了條件。
一、價款支付方式對資產轉讓損益確認的影響
在企業合併中，被合併企業是否確認財產轉讓收益取決於產權交換的支付方式。如果合併企業支付給被合併企業或其股東的非股權支付額高於所支付的股權票面價值(或股本賬面價值)20%的，被合併企業應視為按公允價值轉讓處置全部資產，計算資產的轉讓所得，依法繳納所得稅。
被合併企業的股東取得合併企業的股權視為清算分配。如果合併企業支付給被合併企業或其股東的收購價款中，除合併企業股權以外的現金、有價證券和其他資產(簡稱非股權支付額)不高於所支付的股權票面價值(或支付的股本賬面價值)20%的，經稅務機關稽核確認，被合併企業可以不確認全部資產的所得或損失，不計算繳納所得稅。被合併企業的股東以其持有的原被合併企業的股權(簡稱舊股)交換合併企業的股權(簡稱新股)，不視為出售舊股購買新股處理。
被合併企業的股東換得新股的成本，須以其所持舊股的成本為基礎確定。只有待股權轉讓後才計算損益，作為資本利得課稅。但未交換新股的被合併企業的股東取得的全部非股權支付額，應視為其持有舊股的轉讓收入，按規定計算確認財產轉讓所得或損失，依法繳納所得稅。由於支付方式的不同，轉讓收益的確認時間不同，對被合併企業的所得稅負的影響也就不同。由於在通常情況下，資本利得稅的稅率比企業所得稅的稅率要低，所以被合併企業的股東由此可以得到推遲並減少納稅的好處。
二、價款支付方式對資產計價的影響
在非股權支付額不高於所支付股權票面價值(或股本賬面價值)20%的情況下，合併企業接受被合併企業全部資產的計稅成本，須以被合併企業原賬面淨值為基礎確定。如果非股權支付額高於所支付股權票面價值20%的，合併企業接受被合併企業的資產在計稅時可以按經評估確認的價值確認成本。由於兩種情況下合併企業接受被合併企業的資產計入成本費用的價值基礎不同，必然導致稅前扣除的金額不同，從而使合併後合併企業的所得稅負不同。
就合併企業而言，從折舊影響企業所得稅的角度來看，如果合併企業採用股票支付方式，合併中取得的資產其折舊基礎是資產原賬面價值，如果合併企業採用債券或現金支付方式，合併取得的資產其折舊基礎是支付價格，一般情況下支付價格高於原資產賬面價值。合併企業的資產價值總額將增加，計提折舊也隨之增加，從而使合併企業享受到增加折舊額而節稅的好處。
三、價款支付方式對虧損彌補的影響
如果非股權支付額高於所支付的股權票面價值(或股本賬面價值)20%的，被合併企業以前年度的虧損不得結轉到合併企業彌補。在非股權支付額不高於所支付的股權票面價值(或股本賬面價值)20%的情況下，被合併企業合併以前的全部企業所得稅納稅事項由合併企業承擔，以前年度的虧損，如果未超過法定彌補期限，可由合併企業繼續按規定用以後年度實現的與被合併企業資產相關的所得彌補。具體按下列公式計算：某一納稅年度可彌補被合併企業虧損的所得額=合併企業某一納稅年度未彌補虧損前的所得額×(被合併企業淨資產公允價值÷合併後合併企業全部淨資產公允價值)。盈利企業通過兼併有累計經營虧損的企業，以虧損企業虧損衝抵盈利企業的應納稅所得額，從而降低企業整體稅負。
由於合併企業支付給被合併企業的價款方式不同，將導致不同的所得稅處理方式，其涉及被合併企業是否就轉讓所得繳稅、虧損是否能夠彌補，合併企業支付給被合併企業的股利折現、接受資產增值部分的折舊等問題。
同時，企業在進行稅收籌劃時，必須遵循成本效益原則，進行納稅籌劃時，不能只考慮稅收成本的降低，而忽略因籌劃方案的實施所引發的其他費用的增加或收入的減少，即稅收成本最低的方案不一定是最好的籌劃方案，必須綜合考慮，只有能夠給企業帶來絕對收益的方案才是最佳的。
