農業戶口和非農業戶口的主要區別在於它們的權益不同：
1.農業戶口的權益，主要是宅基地和責任田，特別是在城市化過程中，通過拆遷，可獲得更多收益。
2.非農業戶口的權益，主要是依附在戶籍上的一些社會福利，包括教育、醫療、就業、保險、住房等方面。
3.非農業戶口的福利一般更好。比如養老金，非農業戶口就要比農業戶口多很多，並且沿襲多年，已經很成熟和完善，但農村養老金建立不滿10年。還有醫療保險，農業戶口參保的新農合一般只保大病，住院才可以報銷，但居民和職工的醫療保險，不但住院可以報銷，門診看病也可以報銷，退休後還有各項醫療費報銷待遇。
二、非農業戶口的福利優勢
非農業戶口的居民雖然不能擁有各自的責任田或者宅基地，但是福利比農業戶口的居民好很多。
1、就業優勢
非農戶口相比農業戶口有一個最大的區別就是城市有一個勞動再就業的政策，其他的沒有太大區別，不過政府對於農村的投入在就業方面和城市在就業方面的投入相比會少很多，還有一個不同即是在從軍、退役、退役後自謀職業等方面城市戶口的人員會比農業戶口的人員取得的補助更多。
2、教育優勢
城市裡的一些優質教育資源對於當地城市戶口居民來講門檻較低，而如果是農村戶口可能要繳納一定的費用才能就讀，並且其他的門檻也更高一些。
3、社會保險
基本農業戶口和非農業戶口的差別是很小的，大學畢業的人會有一個感觸就是如果是農業戶口單位繳納三險一金，如果是城鎮戶口則給繳納五險一金，其他基本都是一體化了，不過在一些失業保險方面存在一定的差別。
農業戶口還有非農業戶口都由各自的優勢還有劣勢，非農業戶口的優勢包括社會保險的優勢，教育方面優勢還有就業方面的優勢，城鎮戶口的一般會繳納五險一金，城市戶口的教育資源門檻較低等。
