分公司籤的入股協議一般是沒有法律效力的，因為分公司沒有權利簽訂投資入股協議，分公司簽訂的合同不成超過公司章程的規定，也不能超過公司的經營範圍。除非分公司是在總公司的授意下籤訂的入股協議，這樣的入股協議是有效的。
《中華人民共和國合同法》第五十二條規定，有下列情形之一的合同無效：
(一)一方以欺詐、脅迫的手段訂立合同，損害國家利益的;
(二)惡意串通，損害國家、集體或者第三人利益的;
(三)以合法形式掩蓋非法目的;
(四)損害社會公共利益;
(五)違反法律、行政法規的強制性規定。
第五十四條規定，下列合同，當事人一方有權請求人民法院或者仲裁機構變更或者撤銷：
(一)因重大誤解訂立的;
(二)在訂立合同時顯失公平的。
二、分公司是否可以對外簽訂合同?
依據《最高人民法院關於適用〈中華人民共和國民事訴訟法〉的解釋》第五十二條的規定，依法登記的分公司屬於“其他組織”。“其他組織”是指合法成立、有一定的組織機構和財產，但又不具備法人資格的組織。
根據《中華人民共和國合同法》第二條規定，其他組織可以和自然人、法人或其他組織簽訂合同，從而成為合同主體。
《中華人民共和國公司法》第14條第1款規定：公司可以設立分公司。設立分公司，應當向公司登記機關申請登記，領取營業執照。分公司不具有法人資格，其民事責任由公司承擔。
入股協議事關重大，在原有股東的基礎上要增加新的股東的話，通常都是直接跟總公司簽訂投資入股協議的，而且，總公司增加新的股東也有嚴格的操作流程，所以說，入股協議不是分公司有權利可以處理的事情。
