投資專案的風險控制是私募股權基金風險控制的重點，如果每個投資專案的風險都控制住了，私募股權基金的專案投資風險也就能全部控制住了。
一、合同制約
事前約定各方的責任和義務是所有商業活動都會採取的具有法律效力的風險規避措施。為防止企業不利於投資方的行為，保障投資方利益，投資方會在合同中詳細制定各種條款，如通過制定肯定性和否定性條款來規定企業必須做到哪些事情，哪些事情不能做，通過合同制約防止企業做出不利於投資者的行為，投資合同還可以設定條款保障投資者變現投資的權利和方式，股份比例的調整條件條款，追加投資的優先權，防止股份稀釋等。
二、分段投資
分段投資是指私募股權投資基金為有效控制風險，避免企業浪費資金，對投資進度進行分段控制，投資資金的劃撥要按照專案程序分階段進行，而不要一次到位。只提供確保企業發展到下一階段所必需的資金，並保留放棄追加投資的權利和優先購買企業追加融資時發行股票的權利。只有當前一階段專案運作良好，達到預期目標以後，後續資金才可以適時跟進，後期工程才能夠上馬。如果企業未能達到預期的盈利水平，下一階段投資比例就會被調整，這是監督企業經營和降低經營風險的一種方式。
三、違約補救
一般來說，在專案投資初始時期，私募股權基金可以接受少數股權的地位，而專案公司管理層控制大多數股權，但投資方可以與專案公司簽訂一份投票權協議，以保持在一些重大問題上的特別投票權。當專案公司管理層不能按照業務計劃的各種目標經營企業時，例如發現管理層違反協議，提供的資訊明顯錯誤或發現大量負債等，專案公司要承擔責任。
此種情況下，私募股權基金可對專案公司提出嚴厲要求，通常的懲罰或補救措施有：調整優先股轉換比例，提高投資者的股份，減少專案公司或管理層個人的股份、投票權和董事會席位轉移到私募股權基金手中，解僱管理層等。
四、股份比例調整
在專案投資中，私募股權基金運用複合型的金融工具，如轉換優先股、可轉換債券、附認股權債券或其組合等，進行投資中的股份比例調整，從而降低自己的風險。特別是可轉換優先股的運用，通過優先和普通股之間轉換比例或轉換價的調整而相應調整私募股權基金和專案公司之間的股權比例，以滿足私募股權基金和專案公司雙方不同的目標和需求，既能保護投資人的利益，又能分享企業的成長，還能調動發揮專案公司管理的積極性，推動專案公司的發展而獲得更多股權。
私募基金風險控制應從源頭上開始，在投資專案的初期，投資人就應對投資的專案進行仔細地調查研究，在投資過程中，雙方訂立詳細地條款對權利與義務進行約定，如果投資公司違約，投資人就可以作出補救的措施，如果對於以上幾種控制風險的方式都有一定的運用，相信可以很大程度上規避掉投資人的風險。
