如果丟失了首付款發票，在房屋交付後會有全款發票，不影響以後辦房產證、取公積金、落戶;如果丟失的是全款發票，可以向發票開具方申請讓其出具說明，明確發票開具方、發票取得方、金額、發票編碼等資訊，或者讓其提供丟失發票的存根或記賬聯影印件，經主管稅務機關稽核後作為合法有效憑證入賬，但是不可以重複開具發票。
法律依據:
《中華人民共和國發票管理辦法》第二十九條，開具發票的單位和個人應當按照稅務機關的規定存放和保管發票，不得擅自損毀。已經開具的發票存根聯和發票登記簿，應當儲存5年。儲存期滿，報經稅務機關查驗後銷燬。
