許可經營專案無效登記情形主要是：
1、從事法律、行政法規、國務院決定禁止企業經營的專案的；
2、屬於許可經營專案，但是沒有提交審批或者是不能提交審批機關的批准檔案、證件的；
3、註冊資本未達到法律、行政法規規定的從事該專案經營的最低註冊資本數額的；
4、法律、行政法規、國務院規定特定行業的企業只能從事經過批准的專案而企業申請其他專案的；
5、法律、行政法規、國務院規定的其他情形的。
法律依據：《中華人民共和國行政許可法》第三十九條行政機關作出准予行政許可的決定，需要頒發行政許可證件的，應當向申請人頒發加蓋本行政機關印章的下列行政許可證件：
(一)許可證、執照或者其他許可證書;
(二)資格證、資質證或者其他合格證書;
(三)行政機關的批准檔案或者證明檔案;
(四)法律、法規規定的其他行政許可證件。
行政機關實施檢驗、檢測、檢疫的，可以在檢驗、檢測、檢疫合格的裝置、設施、產品、物品上加貼標籤或者加蓋檢驗、檢測、檢疫印章。
