企業整體轉讓按以下原則進行稅務處理：
1、原則上不徵收營業稅和增值稅。但轉讓在建專案時按以下辦法徵收營業稅：
（1）轉讓已完成土地前期開發或正在進行土地前期開發，但尚未進入施工階段的在建專案，按“轉讓無形資產”稅目中“轉讓土地使用權”專案徵收營業稅；
（2）轉讓已進入建築物施工階段的在建專案，按“銷售不動產”稅目徵收營業稅。
2、應繳納印花稅和土地增值稅。
3、收入增值達比例要繳企業所得稅。
根據《關於企業股權投資業務若干所得稅問題的通知》規定：如果在企業整體資產轉讓交易的接受企業支付的交換額中扣除非股權支付額高於所支付的股權的票面價值(或股本的賬面價值)20%，就應該按照稅法的有關規定，算出清算所得繳納企業所得稅。
4、原股東按財產轉讓所得徵個稅。
根據《關於股權轉讓收入徵收個人所得稅問題的批覆》規定：通過簽訂股權轉讓協議，以轉讓公司全部資產方式將股權轉讓給新股東，協議約定時間以前的債權債務由原股東負責，協議約定時間以後的債權債務由新股東負責。根據《個人所得稅法》及其實施條例的規定，原股東取得股權轉讓所得，應按“財產轉讓所得”專案徵收個人所得稅。
法律依據：《中華人民共和國企業所得稅法實施條例》 第六十七條
無形資產按照直線法計算的攤銷費用，准予扣除。 無形資產的攤銷年限不得低於10年。 作為投資或者受讓的無形資產，有關法律規定或者合同約定了使用年限的，可以按照規定或者約定的使用年限分期攤銷。 外購商譽的支出，在企業整體轉讓或者清算時，准予扣除。
