兩者最重要的區別是前者具有非流動性(或有限流動性)，不可以隨意轉讓，只能在員工退休或離開企業時由企業購回。這樣可以避免企業員工只注重股份轉讓收益而放鬆對企業發展的關切。員工只有在企業長期工作並做出貢獻，才能得到較高的股份收益。
員工持股制度雖與典型的股份制企業在持股人資格、收益分配、股票出讓等方面存在差別，但依然是以資產的個人佔有為基礎而擁有相應的剩餘索取權和控制權的，它不允許企業外人員佔有其股份(即成為持股會成員)，企業員工則必須認購本企業的股份。認購股份的多少取決於企業資本與勞動的比例。員工離開企業時，企業要回購其股份。
法律依據：《公司法》第七十一條
有限責任公司的股東之間可以相互轉讓其全部或者部分股權。
股東向股東以外的人轉讓股權，應當經其他股東過半數同意。股東應就其股權轉讓事項書面通知其他股東征求同意，其他股東自接到書面通知之日起滿三十日未答覆的，視為同意轉讓。其他股東半數以上不同意轉讓的，不同意的股東應當購買該轉讓的股權；不購買的，視為同意轉讓。
經股東同意轉讓的股權，在同等條件下，其他股東有優先購買權。兩個以上股東主張行使優先購買權的，協商確定各自的購買比例；協商不成的，按照轉讓時各自的出資比例行使優先購買權。
公司章程對股權轉讓另有規定的，從其規定。
