一、公司股權確認之訴是怎樣進行的?
1、當事人起訴，首先應提交起訴書，並按對方當事人人數提交相應份數的副本。當事人是公民的，應寫明雙方當事人的姓名、性別、年齡、籍貫、住址;當事人是單位的，應寫明單位名稱、地址、法定代表人或負責人姓名。起訴書正文應寫明請求事項和起訴事實、理由，尾部須署名或蓋公章。
2、根據"誰主張誰舉證"原則，原告向法院起訴應提交下列材料：
(1)、原告主體資格的材料。如居民身份證、戶口本、護照、港澳同胞回鄉證、結婚證等證據的原件和影印件;企業單位作為原告的應提交營業執照、商業登記證明等材料的影印件。
(2)、證明原告訴訟主張的證據。如合同、協議、債權文書(借條、欠條等)、收發貨憑證、往來信函等。
3、當事人向法院提交書證，應填寫一式兩份證據清單，詳細列明提交證據的名稱、頁數。證據經法院承辦人核對後，由承辦人在證據清單上簽字蓋章，一份交當事人，一份備案。
4、立案庭在當事人履行必須的手續和交齊有關證據材料之後，在七天內，對符合立案條件的，辦理立案手續;對不符合立案條件的，依法裁定不予受理。
5、當事人應在收到受理通知書之日起七天內預交案件受理費和其他訴訟費用，如確有困難，可在預交期內向本院提出減、緩、免交的書面申請，逾期不交或者書面申請緩、減、免交未獲批准而仍不預交的，本院將裁定按自動撤訴處理。
6、立案手續後，案件由法院排期開庭，當事人應服從法院的各項工作安排，並於結案後到財務室結算訴訟費用，多退少補。
二、股權確認之訴的證據
(一)股東名冊
有限公司的股東名冊的重要性比股份公司低。賦予股東名冊創設股權的作用是十分危險的。因為股東名冊容易被偽造和編造，其可信度很差。因此，不能認為股東名冊有記載的就是股東，沒有記載的就不是股東。
所以在股東與公司之間發生的股權確認糾紛中，股東可以依據股東名冊主張權利。但是反過來，如果股東名冊沒有登記，則公司不能據此否認股東的股權。
(二)出資證明書
出資證明書雖然沒有創設股權的作用，不是設權證券，但是，出資證明書是典型的證權證券，它一方面證明股東出資，公司收到出資，另一方面證明了持有人的股東身份。有限公司成立以後，公司依法應當向股東簽發出資證明書，簽發出資證明書是公司的義務。在股東出資以後，公司因為疏忽，故意，懈怠等原因沒有進行工商登記就簽發給股東出資證明，則公司不得以沒有辦理工商登記或股東名冊的變更為理由否認股東的股東身份。
(三)公司章程
章程是判斷股東身份和股權的最重要的標誌，最實質的標誌。經過登記的章程既具有對內的效力，又具有對外的效力。公司章程對內是確認股東及其權利義務的主要根據，具有對抗股東之間其他約定的效力;對外具有公示和公信的效力，是相對人據以判斷公司股東的重要依據。
(四)協議
協議和契約是股權誕生和流轉的搖籃。協議的約定對於股權確認具有重要意義，如果協議的約定與章程不發生衝突，則在內部關係中確認股權時，協議的證據價值等同於章程。因為這些協議的相關內容依法要在章程中表現出來，協議是變更公司章程的基礎。又由於協議的實際履行情況與協議的規定可能會產生差異，因此，將協議作為股權認定證據使用時，還要注意協議的實際履行與協議本身是否一致。
(五)工商登記
工商登記有人認為時設權性的。但工商登記的證權性之說更加符合商法的原則與精神。無論時自然人還是法人，只要從事營業就是商人，登記只是一種公示義務，但不是取得商人資格，獲得從事商業活動的權利的前提條件和必經程式。工商登記的目的在於將股權的歸屬向社會公示，公司經由公司登記機關將股權變動的資訊披露給社會公眾，並推定社會公眾知道或者應當知道這些披露資訊。
另外，從權利義務的角度看，為股東進行工商登記的是公司的一項義務。通過投資或者受讓股權而成為有限責任公司股東的人，其名稱或者姓名應記載於公司的股東名冊並進行工商登記。更加公司法和公司登記條例的相關規定，這是公司應該履行的法定義務。在當事人履行了相應的股東義務後，公司有義務變更股東名冊和公司章程，有義務簽發出資證明書，並進行工商登記，以賦予他們形式上的股東資格，從而貫徹誠實信用的基本原則，保護交易安全和社會經濟秩序的規定。如果公司怠於履行這些義務，公司不得以原告沒有辦理股東名冊和公司章程未變更以及未進行工商登記為由，主張原告不具備股東身份。
鑑於工商登記的宣示性作用，工商登記的作用和效力主要體現在外部關係當中，是第三人確認公司股東的重要證據。在內部關係的股權認定中。仍然要探究當事人的真實意思表示，依據當事人的真實意思表示來確認股權，而不受工商登記的左右。也就是說，在內部關係中確認股權應當堅持意思第一，在外部關係中確認股權應當堅持形式第一。這種觀點已經被一些司法部門所採用。
(六)實際承受權利義務的行為
享有股東權利是取得股東資格的結果，而不是取得股東資格的條件或者原因。簡單從這個角度看，以享有股東權利為由主張股東資格是不能支援的，但是從保持公司的穩定性的角度講，如果否定已實際享有股東權利的當事人的股東資格，將導致其公司中的行為無效，是使許多已確定的公司法律關係發生改變，影響交易安全和社會穩定。權衡各方利益，對實際享有股東權利的當事人，原則上應當認定其股東資格，但是不能反過來認為沒有實際享有股東權的就不是股東，因為被公司不當剝奪和被限制股東權利的股東和不召開股東會，不分配利潤的公司，客觀上都是大量存在的。
公司股權確認之訴的舉證資料一般有股東名冊，股東可以以股東名冊主張權利、出資證明書，出資證明書、也是公司收到資金的證明、公司章程還有協議等等這些舉證資料來確認股權，等案件結束後需要到法院財務部處理訴訟費用，訴訟費用是以多退少補的方式進行處理的。
