股權轉讓協議，如系雙方當事人真實意思表示，且內容並未違反法律規定，即合法有效，雙方當事人均應依約嚴格履行。未進行工商變更手續，並不影響合同的效力。
股東變更登記其實只是工商部門對公司進行的一種工商行政管理行為，它本身只具有確認股權轉讓的功能，而不決定股權轉讓是否有效。工商登記只是種對外公示的行為，起到對抗公司以外的第三人的效力。
綜上所述，工商變更登記與否不影響股權轉讓的效力。
【法律依據】
根據《公司登記管理條例》第34條規定：有限責任公司變更股東的，應當自變更之日起30日內申請變更登記，並應當提交新股東的主體資格證明或者自然人身份證明。有限責任公司的自然人股東死亡後，其合法繼承人繼承股東資格的，公司應當依照前款規定申請變更登記。
