可以抵扣。根據《國家稅務總局關於簡化增值稅發票領用和使用程式有關問題的公告》（國家稅務總局公告2014年第19號）文第三條規定，一般納稅人丟失已開具專用發票的發票聯和抵扣聯，如果丟失前已認證相符的，購買方可憑銷售方提供的相應專用發票記賬聯影印件及銷售方主管稅務機關出具的《丟失增值稅專用發票已報稅證明單》或《丟失貨物運輸業增值稅專用發票已報稅證明單》作為增值稅進項稅額的抵扣憑證。
法律依據
《中華人民共和國增值稅暫行條例》
第八條
納稅人購進貨物、勞務、服務、無形資產、不動產支付或者負擔的增值稅額，為進項稅額。 下列進項稅額准予從銷項稅額中抵扣：
（一）從銷售方取得的增值稅專用發票上註明的增值稅額。
（二）從海關取得的海關進口增值稅專用繳款書上註明的增值稅額。
（三）購進農產品，除取得增值稅專用發票或者海關進口增值稅專用繳款書外，按照農產品收購發票或者銷售發票上註明的農產品買價和11%的扣除率計算的進項稅額，國務院另有規定的除外。進項稅額計算公式： 進項稅額=買價×扣除率
（四）自境外單位或者個人購進勞務、服務、無形資產或者境內的不動產，從稅務機關或者扣繳義務人取得的代扣代繳稅款的完稅憑證上註明的增值稅額。 准予抵扣的專案和扣除率的調整，由國務院決定。
