公司債務按照公司清算程式來處理。
《公司法》首先規定，公司被吊銷營業執照屬於公司解散的原因，並要求公司在解散事由出現之日起十五日內由股東組成清算組進行清算。
同時清算責任是股東在公司因被吊銷營業執照而解散後的法定義務，必須履行，且此項義務屬於全體股東，與股東的持股比例及是否實際控制公司無關。
《公司法》第一百八十六條 清算程式
清算組在清理公司財產、編制資產負債表和財產清單後，應當制定清算方案，並報股東會、股東大會或者人民法院確認。 公司財產在分別支付清算費用、職工的工資、社會保險費用和法定補償金，繳納所欠稅款，清償公司債務後的剩餘財產，有限責任公司按照股東的出資比例分配，股份有限公司按照股東持有的股份比例分配。 清算期間，公司存續，但不得開展與清算無關的經營活動。公司財產在未依照前款規定清償前，不得分配給股東。
第一百八十七條 破產申請
清算組在清理公司財產、編制資產負債表和財產清單後，發現公司財產不足清償債務的，應當依法向人民法院申請宣告破產。 公司經人民法院裁定宣告破產後，清算組應當將清算事務移交給人民法院。
第一百八十八條 公司登出
公司清算結束後，清算組應當製作清算報告，報股東會、股東大會或者人民法院確認，並報送公司登記機關，申請登出公司登記，公告公司終止。
