區別：
(1)法律依據不同。國有獨資企業遵循《全民所有制企業法》，國有獨資公司遵循《公司法》。
(2)管理體系不同。國有獨資企業由政府出資，實行政府任命或職工選舉並經政府稽核同意的廠長（經理）負責制，國有獨資公司是以“歸屬清晰、權責明確、保護嚴格、流轉順暢”的現代產權制度為指引。
(3)治理結構不同。一般的國有企業董事會則由同級政府派出。國有獨資公司監事會由國有資產監督管理機構委派。
《公司法》第六十六條國有獨資公司不設股東會，由國有資產監督管理機構行使股東會職權。國有資產監督管理機構可以授權公司董事會行使股東會的部分職權，決定公司的重大事項，但公司的合併、分立、解散、增加或者減少註冊資本和發行公司債券，必須由國有資產監督管理機構決定;其中，重要的國有獨資公司合併、分立、解散、申請破產的，應當由國有資產監督管理機構稽核後，報本級人民政府批准。前款所稱重要的國有獨資公司，按照國務院的規定確定。
