國家級高新技術企業由科技部、財政部、稅務局組成的全國高新技術企業認定管理工作領導小組認定。全國高新技術企業認定管理工作領導小組辦公室設在科技部火炬高技術產業開發中心，由科技部、財政部、稅務總局相關人員組成，負責處理日常工作。高新技術企業是指：在《國家重點支援的高新技術領域》內，持續進行研究開發與技術成果轉化，形成企業核心自主智慧財產權，並以此為基礎開展經營活動，在中國境內（不包括港、澳、臺地區）註冊的居民企業。
《高新技術企業認定管理辦法》第五條規定科技部、財政部、稅務總局負責全國高新技術企業認定工作的指導、管理和監督。
第六條規定科技部、財政部、稅務總局組成全國高新技術企業認定管理工作領導小組（以下稱“領導小組”），其主要職責為：
（一）確定全國高新技術企業認定管理工作方向，審議高新技術企業認定管理工作報告；
（二）協調、解決認定管理及相關政策落實中的重大問題；
（三）裁決高新技術企業認定管理事項中的重大爭議，監督、檢查各地區認定管理工作，對發現的問題指導整改。
