(一)本罪與顛覆國家政權罪的界限
這兩個罪的行為方式是相同的，都包含組織、策劃、實施的行為，但它們的直接客體是不同的，本罪侵犯的是國家的統一，後罪侵犯的是人民民主專政的政權和社會主義制度。另外，它們的主觀方面也是不同的，本罪的目的是分裂統一的多民族國家，後罪的目的是顛覆人民民主專政和推翻社會主義制度。分裂國家的行為與顛覆政權的行為是不盡相同的，國家被分裂,但政權依然存在的現象是屢見不鮮的。反過來說，政權被顛覆了而國家沒有分裂的現象也是屢見不鮮的。
(二)本罪與背叛國家罪的界限
背叛國家罪危害的是國家的主權、領土完整和安全，這一客體的涉及面遠比本罪的客體廣泛的多。本罪侵犯的是國家的統一，國家主權和安全沒有落入外國人之手，因而與勾結外國，使國家主權和安全落人外國之手的背叛國家罪是不同的，但是國家統一這個概念，並不完全等於領土完整，國家沒有統一，也可能領土完整；國家統一了，也可能領土不完整。因為國家統一是對內而言的，領土完整是對外而言的。另外，在客觀行為方面，兩罪也是不同的。本罪不以勾結外國為要件，後罪則正好相反。總之，本罪與後罪的關係是內亂與外患的關係。
