1、本罪與破壞交通工具罪的界限
過失損壞交通工具罪與破壞交通工具罪都是以交通工具為侵害物件的危害交通運輸安全的犯罪。
兩者主要的區別是:
(1)主觀罪過不同，過失破壞交通工具罪是過失犯罪。行為人對其行為可能引起的嚴重後果持否定態度，或者應當預見而未預見，或者雖已預見而輕信能夠避免，以致引起嚴重後果。破壞交通工具罪是故意犯罪。行為人對其破壞行為會發生嚴重危害結果是明知的，並且持希望或者放任態度。
(2)對危害結果要求不同。前者把造成嚴重後果作為構成犯罪的法定要件，如果實施破壞交通工具的過失行為尚未造成嚴重後果，不構成犯罪。後者只要故意實施破壞交通工具的行為，並足以使之發生傾覆或毀壞危險，無論是否造成嚴重危害結果，均構成犯罪，而且構成破壞交通工具罪既遂。
2、本罪與交通肇事罪的界限
兩者都是過失犯罪，主要區別在於客觀方面不同。過失損壞交通工具罪主要表現為行為人因過失行為而致使火車、汽車、船隻、航空器發生傾覆、毀壞，造成嚴重後果;交通肇事罪則表現為行為人(包括從事交通運輸的人員和非從事交通運輸的人員，違反交通運輸管理法規而引起重大事故，致人重傷、死亡或者使公私財產遭受重大損失。因此，如果交通運輸人員在駕駛交通工具的過程中，違反交通運輸管理法規，過失引起交通工具傾覆、毀壞，造成嚴重後果，則不構成過失損壞交通工具罪，而構成交通肇事罪。
