一、本罪與非罪的界限
操縱證券、期貨交易價格罪屬於情節犯，即以“情節嚴重”作為其成立的必要構成要件。如果行為人在客觀上雖然實施了操縱證券、期貨交易價格行為，在主觀上也確實出於直接故意，但是全案情節並未達到嚴重的程度，其行為不構成犯罪，只屬於證券、期貨市場中一般的違法行為。相對來說，違法的操縱行為的社會危害程度要小一些，只有那些危害社會程度較大，達到非以刑罰加以懲治程度即達到“情節嚴重”的操縱行為才構成操縱證券、期貨交易價格罪。至於全案情節是否嚴重，一般可從以下幾方面加以考慮：1、行為人人身危險性程度，即行為人是初犯、偶犯，還是常犯、累犯;2、行為人行為的結果狀況，即行為人實際謀取利益或避免損失的數額大小，破壞證券、期貨市場秩序的實際情況和不利影響是否嚴重、惡劣;3、行為人實施操縱證券、期貨市場行為的具體手段、方式及其實施操縱證券、期貨市場行為的次數。行為人的操縱行為沒達到“情節嚴重”的，只對行為人追究其相應的行政責任或民事責任。
此外，操縱證券、期貨交易價格行為在實際生活中異常複雜，有時與合法行為相交錯混合同時進行，有時以合法交易行為作為掩蓋。這樣要求司法機關要嚴格掌握操縱證券、期貨交易價格罪的基本構成要件，將操縱交易價格行為與合法交易行為區分開來。
二、本罪與誘騙投資者買賣證券、期貨合約罪的界限
操縱證券、期貨交易價格行為影響證券市場的正常價格，製造證券、期貨市場假象，誘導或者致使投資者在不瞭解事實真相的情況下作出投資決定，而誘騙投資者買賣證券、期貨合約罪是指行為人故意提供虛假資訊，偽造、變造或者銷燬交易記錄，誘騙投資者買賣證券、期貨合約，造成嚴重後果的行為。顯然，操縱證券、期貨交易價格罪與誘騙投資者買賣證券、期貨合約罪都包含著有關證券投資者在不真實情況的誘導下可能或實際作出不符合本人意願的證券交易行為，因而存在著一定的聯絡。
兩罪存在著以下區別：
1、主體不同，前者屬於一般主體，即達到刑事責任年齡、具備刑事責任能力的人，大多數為證券、期貨投資者或從事證券發行，證券、期貨交易及其相關活動的人，而後者為特殊主體，即證券交易所、期貨交易所、證券公司、期貨經紀公司的從業人員和證券業協會、期貨業協會或者證券期貨監督管理部門的工作人員。
2、客觀方面不同，前者是行為人通過實施操縱市場行為來影響證券、期貨交易價格，製造虛假證券、期貨行情，誘使其他投資者參與證券、期貨交易，從而從中謀利，而後者是行為人通過提供虛假資訊、偽造、變造或者銷燬交易記錄，誘騙投資者買賣證券、期貨合約。可見，一方面，兩者的誘因不同，前者是不正常的證券、期貨行情，後者是虛假資訊或不真實的交易記錄，另一方面，被騙者的主觀過錯存在著差別，前者的誘騙具有間接性，後者的誘騙具有直接性，因此，前者的被騙者的主觀過錯程度要高些，相應地承擔更大的責任。
