(一)區分本罪與盜伐林木罪、濫伐林木罪的界限
非法採伐、毀壞國家重點保護植物罪與盜伐林木罪、濫伐林木罪都屬於侵害林木資源的犯罪，侵犯的客體都是國家對森林資源保護的管理制度，犯罪主體均包括自然人和單位，且主觀罪過形式都是故意，但非法採伐、毀壞國家重點保護植物罪與盜伐林木罪、濫伐林木罪之間仍是有區別的，主要表現在：
(1)犯罪的客體要件不同。非法採伐、毀壞國家重點保護植物罪表現為違反森林法的規定，非法採伐和毀壞國家重點保護植物的行為，其中不僅包括非法採伐的行為，還包括故意毀壞的行為，即使國家重點保護植物的價值或使用價值部分喪失或者全部喪失的行為，如放火、爆炸等方法行為，行為人只要實施了非法採伐、毀壞即可構成本罪，不要求情節是否嚴重;而盜伐林木罪、濫伐林木罪則分別表現為未經林業行政主管部門批准，私自採伐國有集體或個人承包經營管理的林木的行為(此為盜伐林木的行為)，和未經林業行政主管部門批准並核發採伐許可證，或雖有許可證，但不按照該許可證的要求而任意採伐的行為(此為溢伐林木的行為)，其中，構成此兩罪的要求具有“數量較大”的非法採伐行為。
(2)犯罪物件不同。非法採伐、毀壞國家重點保護植物罪的物件只能是國家重點保護植物，即《國家重點保護的野生植物名錄》和《國家珍貴樹種名錄》所列的國家重點保護植物，盜伐林木罪和濫伐林木罪的物件則指國家重點保護植物以外的其他各種樹木。
(二)區分本罪與故意毀壞財物罪的界限
由於珍貫樹木的所有權屬於國家，所以，非法採伐、毀壞國家重點保護植物的行為同時也侵犯了國家對國家重點保護植物的所有權，因而與故意毀壞公私財物罪所侵犯的國家、集體與個人財物的所有權有近似之處，區別主要表現為：
(1)犯罪客體不同。非法採伐、毀壞國家重點保護植物罪侵犯的是國家對森林資源保護的管理制度，屬於破壞環境資源的犯罪;故意毀壞財物罪侵犯的則是公私財物的所有權，屬於侵犯財產的犯罪。
(2)客觀要件不同。非法採伐、毀壞國家重點保護植物罪的行為人只要實施了非法採伐、毀壞珍賞樹木的行為，就可構成犯罪;而故意毀壞財物罪的行為人除要求實施毀壞公私財物的行為外，還必須達到一定數額和情節，達到數額較大或者情節嚴重的行為，才構成犯罪。
(3)犯罪物件不同。非法採伐、毀壞國家重點保護植物罪的物件僅為國家重點保護植物;而故意毀壞財物罪的物件，可以是任何公私財物。
(4)主體要件不同。非法採伐、毀壞國家重點保護植物罪的主體既可以是自然人，也可以是單位;而故意毀壞財物罪主體只能是自然人，單位不是該罪主體。
