申請軟體專利後是可以申請軟體著作權的,此兩者不衝突,可以多方面進行保護。
外觀專利與著作權的區別有：
1、保護物件不同
外觀專利的保護物件是工業產品的整體設計，包括保護工業產品的色彩、圖案及外形設計。
而著作權的保護物件是文學、藝術、科學等領域內具有獨創性並能以一些有形形式複製的智力成果。具體到工業產品的外觀設計來說，著作權主要保護其能夠滿足“美術作品”定義的那部分——比如LOGO圖案、包裝圖案等。
也就是說，著作權的保護物件與外觀專利重疊的部分主要是具有藝術性的創造品，尤其是美術作品的圖案及構思。
2、權利內容不同
外觀專利是專利權，是工業產權，因此主要是由財產權構成，包括實施權、許可他人實施權、轉讓權。相對較為簡單。
著作權則由人身權和財產權兩部分構成。其中的著作人身權部分又稱著作精神權利，包括髮表權、署名權、修改權、保護作品完整權，具有不可轉讓性、永久性的特點。
著作財產權部分則主要包括使用權、許可使用權力、轉讓權、獲得報酬權等，具體而言，著作權的使用權是指以複製、發行、出租、展覽、放映、廣播、網路傳播、攝製、改編、翻譯、彙編等方式使用作品的權利。
3、獲權前提不同
外觀專利按照專利法的定義，必須滿足“不屬於現有設計，與現有設計或者現有設計特徵的組合相比應該具有明顯區別”的條件，簡而言之，外觀設計專利要求“獨一無二的首創性”。雖然我國的外觀專利目前僅進行形式審查，通常都會予以授權。
而著作權的法定意義是作品在完成後自動產生著作權，只要是獨創的作品，不論其是否與已發表的作品相似，均可獲得獨.立的著作權，進行著作權登記主要是為了獲得佐證。
4、保護區域不同
外觀專利的保護遵循專利的地域性保護原則。在中國申請並獲權的外觀專利僅在中國大陸地區受到保護，如需在國外或港澳臺地區受到保護，需向對應國家、地區提出申請。相對應的，國外專利在國內也不受直接保護。
著作權是自動產生的，作品完成後不必辦理手續，就可以根據有關原則獲得有關國家的著作權法保護，但辦理登記能得到一個直接的憑證。而同時，我國參加了「保護文學藝術作品伯爾尼公約」，因此我國登記的著作權在該公約締約國均享受國民保護待遇。
5、保護期限不同
外觀專利的保護期限是自申請之日起保護十年。
著作權的保護期限相對複雜，我國公民的著作權的保護期為作者有生之年加死後五十年，法人作品和職務作品的著作財產權的保護期限為五十年。
6、維權依據不同
外觀專利受專利法保護，通過國家智慧財產權局審查授權，發生外觀專利侵權糾紛時，專利權人可以請求國家智慧財產權局出具專利權評價報告，在有正面評價報告的前提下，外觀專利維權力度較大。
著作權則受著作權保護，著作權並不要求保護的作品是首創，而只要求它是獨創，因此是否獨自完成有時無從分辨，相對專利容易規避。
7、維持費用不同
外觀專利走的是專利保護程式，而所有專利均需每年繳納專利年費，分階段遞增，未繳納年費視為放棄權利。
著作權方面則是一次收費制度——付費取得作品登記證後不需要每年繳費。
綜合上面所說的，專利是受到《專利法》的保護，而著作權是受到《著作法》的保護，兩者是沒有任何的衝突，在申請了專利之後是很有必要再申請著作權的，這樣才能更好的保障到自己的權益和利益不受到其它人的傷害。
