著作权侵权赔偿协议纠纷是可以向法院起诉的；向法院起诉的流程是：
1、递交诉讼状。
2、法院经审查受理后将起诉书副本送达被告;
3、被告在十五日内提交答辩状,法院在五日内将答辩状副本送达原告如果被告不提交答辩状,不影响审理;
4、决定开庭审理的案件,法院在三日前通知当事人并公告;
5、法庭调查阶段包括:当事人陈述;告知证人的权利义务，证人作证，宣读未到庭的证人证言;出示书证、物证和视听资料;宣读鉴定结论;宣读勘验笔录;
6、法庭辩论包括:原告及其诉讼代理人发言;被告及其诉讼代理人答辩;第三人及其诉讼代理人发言或者答辩;互相辩论。法庭辩论终结，由审判长按照原告、被告、第三人的先后顺序征询各方最后意见;
7、法庭辩论终结，应当依法作出判决。判决前能够调解的，还可以进行调解，调解不成的，应当及时判决。
8、判决宣告。
二、著作权侵权赔偿的计算方式有什么?
侵犯著作权或者与著作权有关的权利的，侵权人应当按照权利人的实际损失给予赔偿实际损失难以计算的，可以按照侵权人的违法所得给予赔偿。赔偿数额还应当包括权利人为制止侵权行为所支付的合理开支。权利人的实际损失或者侵权人的违法所得不能确定的，由法院根据侵权行为的情节，判决给予五十万元以下的赔偿。
我国著作权侵权赔偿有三种计算方法：
1、以被侵权人的实际损失为依据;
2、以侵权人的违法所得为依据;
3、法定赔偿。
司法实践中还有一些具体的做法，这些赔偿方式我们可以选择适用，按照最有利于自己的方式进行计算。下面分别介绍三种赔偿计算方式的运用计算和司法实践中的主要做法。
综合上面所说的，著作权侵权是需要侵权方承担起相应的赔偿，如果对双方签订的赔偿协议产生纠纷那么是可以走诉讼的方式来进行解决，但前提一定要多方面的收集相关证据，只有能证明他人的违法实施，那么法院才会受理自己的诉求。
