商標侵權由什麼部門查處

工商行政管理部門。依據《商標法》的規定，商標侵權造成受害人利益受損的，可以到工商行政管理部門報案，如果情節嚴重構成犯罪的，可到公安機關報案。
《商標法》第六十一條規定，對侵犯註冊商標專用權的行為，工商行政管理部門有權依法查處；涉嫌犯罪的，應當及時移送司法機關依法處理。