主要有以下五個不同：
1、提交訴狀不同。
對於刑事申訴，申訴人應當向人民法院提交“刑事申訴狀”。對於民事申請再審，應當提交“民事再審申請書”。若當事人提交的是“民事申訴狀”，應向其釋明讓其更改為“民事再審申請書”。
2、申請主體不同。有權提起刑事申訴的主體有當事人及其法定代理人、近親屬以及案外人。有權提起民事再審申請的有當事人及案外人。
3、申請客體不同。根據《刑事訴訟法》第二百四十一條，刑事申訴的客體是發生法律效力的判決、裁定。根據《民事訴訟法》第一百九十九條及二百零一條的規定，民事申訴再審的客體是已經發生法律效力的判決、裁定，以及有證據證明調解違反自願原則或調解協議內容違反法律的生效調解。
4、申請期限不同。《人民法院再審立案意見》第十條規定了刑事申訴一般在刑罰執行完畢兩年內提出。根據民事訴訟法的規定，當事人申請再審，應該在判決、裁定發生法律效力後六個月內提出。
5、管轄法院不同。刑事申訴由終審人民法院審查處理。但二審法院裁定準許撤回上訴的案件，申訴人對一審判決提出申訴的，可由一審法院審查處理。當事人可以向上一級人民法院申請再審;對於當事人一方人數眾多或當事人雙方為公民的案件，也可以向原審人民法院申請再審。
法律依據：
《最高人民法院關於執行<中華人民共和國刑事訴訟法>的司法解釋》第三百七十二條第一款
向人民法院申訴，應當提交以下材料：
(一)申訴狀。應當寫明當事人的基本情況、聯繫方式以及申訴的事實與理由。
《中華人民共和國刑事訴訟法》第二百四十一條
當事人及其法定代理人、近親屬，對已經發生法律效力的判決、裁定，可以向人民法院或者人民檢察院提出申訴，但是不能停止判決、裁定的執行。
在經過了對比之後，我們總結出申訴和申請再審之間的差異，分別實管轄法院、客體、主體、期限以及提交訴狀的不同。而在申訴裏面具體有分為了兩類，即訴訟上的申訴與非訴訟上的申訴，通常是指公民或者單位不服行政部門的處理、處罰而提出重新處理和糾正的行為。
