破產案件中的法定抵銷權申請過程是：破產債權人用於抵銷的債權債務均須成立於破產宣告之前，債權應經過申報確認，必須在破產清算分配之前行使，以免延誤破產程序進行。抵銷必須由債權人主動向清算組提出行使，清算組或破產人方面不得主動主張債務抵銷。因抵銷權作為債權人的一項權利，是可以任由其行使或放棄的，而清算組主動提出抵銷，將使破產財產減少，客觀上對多數破產債權人不利，與清算組應為全體債權人的共同利益活動的職責不符。
法律依據： 《合同法》第99 條 (自2021年1月1日起廢止)
當事人互負到期債務，該債務的標的物種類、品質相同的，任何方可以將自己的債務與對方的債務抵銷，但依照法律規定或者按照合同的性質不得抵銷的除外。當事人主張抵銷的，應當通知對方。通知自到達對方時生效。抵銷不得附條件或者期限。
《企業破產法》第三十二條
人民法院受理破產申請前六個月內，債務人有本法第二條第一款規定的情形，仍對個別債權人進行清償的，管理人有權請求人民法院予以撤銷。但是，個別清償使債務人財產受益的除外。
《民法典》第八條，民事主體從事民事活動，不得違反法律，不得違背公序良俗。
