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1、適用範圍不同:農產品進項税額核定扣除適用以購進農產品為原料生產銷售液體乳及乳製品、酒及酒精、植物油的增值税一般納税人。計算扣除適用於其他納税人直接從農業生產者處購進免税農產品的情形。2、扣除率不同:農產品進項税額核定扣除適用的扣除率是銷售的產成品的税率,可以是16%,也可以是10%。計算扣除適用於10%。
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