如果有以下情況，當事人是不能透過婚姻登記處辦理協議離婚手續的：
(1)一方要求離婚，而另一方不同意離婚的，要求離婚的一方就只有向法院起訴要求離婚。
(2)一方當事人爲精神病患者，被醫院確診爲無民事行爲能力的，只能由另一方向法院起訴要求離婚。
(3)雙方要求離婚，但是對子女撫養、財產及債務處理等事項不能達成協議的，當事人只能透過法院解決雙方的爭議，解除婚姻關係。
(4)當事人根本沒有辦理結婚登記，婚姻登記處是不受理離婚申請的。1994年2月1日以前就存在的事實婚姻，只能到法院辦理離婚手續，1994年2月1日以後，男女雙方在一起生活的同居關係，可以自行解除，不需要到婚姻登記處或法院辦理解除手續，只是雙方有財產或子女撫養糾紛的，纔可以向法院起訴解決。
(5)雙方是在外國或港、澳、臺地區登記結婚的，不論雙方能否達成協議，只能透過法院訴訟的方式離婚。
