如果所在公司進行了非法經營活動，那麼在對相關員工進行處罰時，就會看這個員工在這個非法經營活動中所起的作用的大小。
如果在非法經營活動中起到了次要的作用或者輔助作用，則將會以其是從犯而進行處罰，但是會從輕、減輕甚至於免除處罰，而且要看所在單位的非法經營的種類、數額和次數進行進一步的確定。具體會不會判刑，得看最後的法院判決。
員工如果不知情，無論行政處罰或者刑事責任當然都是不需要承擔的。建議員工收集一些證明自己不知情的相關證據。
非法經營罪對於我國的法律來說是堅持不允許的，而且非法經營也擾亂了社會的治安，如果出現了此情況那麼就一定會按照非法經營罪的條款來進行處罰，所以，一定要合法的經營，不屬於自己的東西千萬不要去碰，不然法律是不會放過任何一個犯罪人員的。
法律依據：
《中華人民共和國刑法》第二百二十五條
違反國家規定，有下列非法經營行為之一，擾亂市場秩序，情節嚴重的，處五年以下有期徒刑或者拘役，並處或者單處違法所得一倍以上五倍以下罰金;情節特別嚴重的，處五年以上有期徒刑，並處違法所得一倍以上五倍以下罰金或者沒收財產：
(一)未經許可經營法律、行政法規規定的專營、專賣物品或者其他限制買賣的物品的;
(二)買賣進出口許可證、進出口原產地證明以及其他法律、行政法規規定的經營許可證或者批准檔案的;
(三)未經國家有關主管部門批准非法經營證券、期貨、保險業務的，或者非法從事資金支付結算業務的;
(四)其他嚴重擾亂市場秩序的非法經營行為。
