一、傳染病菌種毒種擴散罪認定
(一)本罪與一般違法行為的界限
傳染病菌種、毒種擴散罪與違反國務院衛生行政部門作出的有關傳染病菌種、毒種的實驗、保藏、攜帶、運輸的規定的一般違法行為有某些相似之處，如二者都是違反了有關規定，主觀上對可能發生或已經發生的危害結果所表現出的心理狀態均為過失，等等。二者的主要界限應從危害結果上把握：前者必須造成了傳染病菌種、毒種擴散，並且引發了嚴重後果;後者則可能是並未引起菌種、毒種的擴散，或者是雖已造成傳染病菌種、毒種的擴散，但帶來的後果並不嚴重。
(二)本罪與危險物品肇事罪的區分
危險物品肇事罪，是指違反爆炸性、易燃性、放射性、毒害性、腐蝕性物品的管理規定，在生產、儲存、運輸、使用中發生重大事故，造成嚴重後果的行為。其區別表現在：第一，二者侵害的主要客體不同。本罪侵害的主要客體是國家關於傳染病防治的管理制度;而後者侵害的主要客體則是公共安全;第二，犯罪物件的性質不同。作為危險物品肇事罪的犯罪物件之一毒害性物品應是指敵敵畏、敵百蟲、砒霜、氰化鉀、氰化鈉、氧化樂甲等無機物，強調的是其劇毒性;而傳染病菌種、毒種屬有機物，其主要特點是傳染性，兩者存在顯著差異。第三，犯罪主體不同。前者的犯罪主體是特殊主體，即只限於從事實驗、保藏、攜帶、運輸傳染病菌種、毒種的人員;後者的犯罪主體是一般主體，任何具備刑事責任能力的自然人均可構成該罪。
二、傳染病菌種毒種擴散罪的構成行為
1、罪體
主體 傳染病菌種、毒種擴散罪的主體是從事實驗、保藏、攜帶、運輸傳染病菌種、毒種的人員。
行為 傳染病菌種、毒種擴散罪的行為違反國務院衛生行政部門的有關規定。至於具體行為，刑法並未明文列舉。因此，應當根據有關規定確定本罪的具體行為。
客體 傳染病菌種、毒種擴散罪的客體是傳染病菌種、毒種。
結果 傳染病菌種、毒種擴散罪的結果是造成傳染菌種、毒種擴散，後果嚴重。這裡的擴散，是指傳染病菌種、毒種離開保藏、實驗、運輸的容器，進入其他範圍，在一定區域內傳播。後果嚴重，是指造成不特定多數的人體、動植物重傷、死亡或者其他嚴重損傷。
2、罪責
傳染病菌種、毒種擴散罪的責任形式是過失。這裡的過失，是指應當預見自己的行為可能造成傳染病菌種、毒種擴散的結果，因為疏忽大意而沒有預見或者已經預見但輕信能夠避免，以致造成嚴重後果的主觀心理狀態。
